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Apothem
Pipeline-Befehle

Pipeline-Befehle

Referenz der Apothem-Pipeline-Befehle — der /plan-Ablauf und der Katalog der Audit-Befehle.

Apothem liefert eine architekturbewusste /plan-Pipeline, eine dreizehnstufige /research-Pipeline sowie eine Audit-Review-Sequenz aus elf Befehlen aus — und gibt damit jedem Projekt einen strukturierten Weg von roher Prosa zu Code in Produktionsqualität, der entlang mehrerer Achsen geprüft wurde, und von einer rohen Idee zu einem verbreiteten, begutachteten (peer-reviewed) Paper.

Pipeline-Überblick

flowchart LR
    accTitle: Plan pipeline command flow
    accDescr: Left-to-right flowchart of the apothem plan pipeline from the spec stage through the generate and review stages, then through a conditional architecture-bearing decision that either runs the design stage or skips directly to the execute stage. The orthogonal audit stage wraps the spec-through-review span as a closed remediation loop, and the re-entrant amend stage revises an existing suite and returns it to review.
    A[/plan-spec] --> B[/plan-generate]
    B --> C[/plan-review]
    AUD[/plan-audit<br/>orthogonal: wraps spec → review] -.->|closed-loop remediation| A
    AM[/plan-amend<br/>re-entrant: revises an existing suite] -.->|re-review| C
    C --> Q{Architecture-bearing suite?}
    Q -->|yes| F[/plan-design<br/>emit _inputs/design.md]
    Q -->|no| D[/plan-execute]
    F --> D
    D --> E[/plan-status]
    D --> G[Audit review sequence]
    G --> H[Completion milestone]

Die Planungsstufen

Die Pipeline wird als acht vollwertige Slash-Befehle ausgeliefert, einer je Stufe — jeder einzeln als /plan-<stage> aufrufbar. Der Orchestrator /plan führt sie von einer Mission bis zu einer ausgeführten Suite.

StufeRollePosition
/plan-specSchmiede — von der Prosa zur SpezifikationAnfang
/plan-generateGenerator — von der Spezifikation zur Plan-SuiteKettenmitte
/plan-reviewPrüfer — forensisches Audit des PlansKettenmitte
/plan-designArchitekt — _inputs/design.md für architekturtragende SuitenBedingtes Gate
/plan-executeAusführender — Ausführung der PhasenEnde
/plan-statusBerichterstatter — Status, nur lesendNur lesend
/plan-auditWächter — geschlossene Schleife um spec → generate → reviewOrthogonal (vor execute)
/plan-amendVerwalter — wiedereintretende Änderung einer bestehenden SuiteWiedereintretend

/plan-audit ist orthogonal zum linearen Ablauf, keine Stufe darin. Es umschließt /plan-spec → /plan-generate → /plan-review als eine einzige geschlossene Schleife, führt nur die fehlenden vorgelagerten Stufen aus, behebt Befunde aktiv und hinterlässt die Suite bereit für /plan-execute. Es unterscheidet sich von der Audit-Review-Sequenz weiter unten, die eine ausgeführte Codebasis statt einer Plan-Suite auditiert.

/plan-design ist keine universelle Zeremonie. /plan-review stuft ein, ob die Suite architekturtragende Oberflächen ändert. Falls ja, gibt /plan-design die Design-Spur aus, die /plan-execute und /architecture-review verarbeiten. Falls nein, geht die geprüfte Suite direkt in die Ausführung über.

Die Forschungs-Pipeline

Die Forschungs-Pipeline wird als dreizehn vollwertige Slash-Befehle ausgeliefert, einer je Stufe — jeder einzeln als /research-<stage> aufrufbar, verkettet durch ein Sequenz-Gate und ein Übergabe-Manifest, unter zehn Strenge-Mandaten (maßgebliche Quellen, Reproduzierbarkeit, Falsifizierbarkeit, Zitationsintegrität, Präregistrierung, Ethik / Interessenkonflikte, statistische Strenge, Open Science / FAIR, Konformität mit Berichtsrichtlinien, theoretische Fundierung / Wirkung).

flowchart LR
    accTitle: Research pipeline command flow
    accDescr: Left-to-right flowchart of the apothem research pipeline from the ideate stage through spec, theory, sources, synthesis, proposal, study design, experiment, analysis, paper, and peer review to publish and disseminate, with a revision loop from review back to paper.
    RI[/research-ideate] --> RS[/research-spec]
    RS --> RT[/research-theory]
    RT --> RSO[/research-sources]
    RSO --> RSY[/research-synthesis]
    RSY --> RPR[/research-proposal]
    RPR --> RD[/research-design]
    RD --> RE[/research-experiment]
    RE --> RA[/research-analysis]
    RA --> RP[/research-paper]
    RP --> RR[/research-review]
    RR --> RPU[/research-publish]
    RPU --> RDI[/research-disseminate]
    RR -.->|revision loop| RP
StufeRollePosition
/research-ideateDas Problem formulieren — Kandidatenfragen aus einem Domänen-AusgangspunktAnfang
/research-specDie Frage rahmen — falsifizierbare Hypothesen + UmfangKettenmitte
/research-theoryKonzeptueller Rahmen + Wirkungstheorie (Theory of Change)Kettenmitte
/research-sourcesSystematische Quellensammlung mit einem wiederholbaren SuchprotokollKettenmitte
/research-synthesisKarte des Stands der Technik (SOTA) + LückenanalyseKettenmitte
/research-proposalZiele + Machbarkeit + Notfallpläne + Wirkung + Datenplan + Präregistrierungsplan; Matrix zur Förderausschreibung oder Antwort auf eine WiedereinreichungKettenmitte
/research-designStudiendesign + PräregistrierungKettenmitte
/research-experimentDurchführen + aufzeichnen, reproduzierbarKettenmitte
/research-analysisErgebnisse + StatistikKettenmitte
/research-paperPaper-Entwurf auf SpitzenniveauKettenmitte
/research-reviewKritik auf Peer-Review-NiveauKettenmitte
/research-publishPaket für den Publikationsort + EinreichungKettenmitte
/research-disseminateVerbreitung + Wirkung + FAIR-ArchivierungEnde

Der Orchestrator für den gekapselten Workflow /research führt diese Stufen von der rohen Frage bis zum veröffentlichten Paper (er selbst ist keine Stufe) und prüft die Ausgabe jeder Stufe unabhängig, bevor die nächste Stufe darauf aufbaut; --quick führt nur /research-sources + /research-synthesis aus, für einen zitierten Bericht in einem einzigen Durchgang.

Die empirischen Stufen (sources, design, experiment, analysis) und die Schreibstufen (paper, review, publish, disseminate) stützen sich zusätzlich auf Oberflächen, die die Strenge operationalisieren — fairer Vergleich mehrerer Methoden, Provenienz der Vergleichsverfahren, ein Gerüst für das Experimentprogramm, ein Plan zur Rechenauslastung, eine optionale (Opt-in) autonome Experimentschleife, ein Fortschritts-Gate nach Definition of Done, Verblindung mit gestufter Offenlegung, ein Suchprotokoll, Zuteilung und Teststärkeplanung der Studie, Analysedisziplin, Notfallpläne für den Plan, Integrität der Abbildungen sowie die Planung von Vorträgen und Postern —, die den zehn Mandaten operative Details hinzufügen, ohne sie zu erweitern.

Audit-Review-Sequenz

Der Orchestrator für den gekapselten Workflow /audit durchläuft alle elf nachstehenden Dimensionen in einem einzigen parallelen Durchgang — das Gegenstück der Audit-Festung zu /plan und /research — und fasst die Ergebnisse zu einem einzigen deduplizierten, nach Schweregrad priorisierten Befundbericht zusammen (nur Bericht; die Behebung wird an /elevate weitergeleitet). Jede Dimension ist auch einzeln aufrufbar.

Der Orchestrator für den gekapselten Workflow /fortress schließt die Schleife, über die /audit berichtet: Er erkennt Befunde über /audit, verifiziert jeden Befund, behebt jeden verbleibenden Befund an der Oberfläche, der er gehört, auditiert in einer begrenzten Schleife erneut und führt das Ergebnis durch das Gate /release-readiness — das Gegenstück für die Produktionshärtung zu /plan und /research.

BefehlQualitätsbereich
/code-reviewCodequalität
/code-auditCodekorpus
/security-auditOWASP / ASVS
/perf-auditPerformance
/architecture-reviewArchitektur
/ux-reviewEntwicklererfahrung
/a11y-auditBarrierefreiheit
/docs-reviewDokumentation
/dependency-auditAbhängigkeiten
/supply-chain-auditLieferkette
/threat-model-auditBedrohungsmodell

Alle Befehle

Jeder ausgelieferte Befehl, generiert aus seiner Definition unter src/apothem/commands/. Befehle ohne handgeschriebene Seite erhalten eine aus derselben Definition generierte Seite.

CommandSummary
/planRuns the planning pipeline (spec, generate, review, design) with independent verification, confirming at each hand-off; execute stays a manual step the …
/plan-specTurns free-form prose, notes or rough requirements into a spec-grade _spec/spec.md that keeps the author's wording and settles open questions by inquiry.
/plan-generateGenerates a full plan suite (master plan, progress log, decision notes, per-phase files) from a written spec or raw prose.
/plan-reviewReads an existing plan suite line by line for fidelity, consistency, completeness and risk, then applies only the revisions the user approves.
/plan-designWrites the architectural design for a reviewed plan suite at _inputs/design.md: components, interfaces, decisions and diagrams.
/plan-executeUse to implement one phase of a reviewed plan suite: reads the phase file and progress notes, verifies prerequisites and review scorecards, implements each …
/plan-amendChanges an existing plan suite without losing resolved decisions, re-deriving only the affected spec, phases and notes.
/plan-auditAudits a plan suite across spec, generate and review, then fixes findings in a loop without per-revision approval until none remain or the cap is hit.
/plan-statusReports plan-suite progress from its tracking files across tasks, phases and artifacts, read-only.
/researchRuns the research pipeline from idea to peer-reviewed paper, verifying each stage hand-off and halting before data collection or publication.
/research-ideateFinds a research question from zero by scanning opportunities, gaps, and invalidated hypotheses, then ranking candidates.
/research-specFrames a research question or notes into a testable spec: falsifiable hypotheses, inclusion and exclusion scope, success metrics.
/research-theoryBuilds the conceptual framework for a framed research question: theory of change, constructs with operational definitions and a conceptual-model diagram.
/research-sourcesCollects and screens the literature for a ratified research spec: deduplication, ranking and extraction with provenance.
/research-synthesisReconciles collected sources into a state-of-the-art map, a literature matrix and a research-gap statement.
/research-proposalTurns a research gap and theoretical framework into a fundable proposal: SMART aims, feasibility, risk register with contingencies, impact pathway, data …
/research-designTurns a synthesized research gap into testable predictions, a study design and a frozen preregistration.
/research-experimentRuns the preregistered study protocol and records raw data with provenance: experiment log, data, and reproducibility manifest (environment, seed, version …
/research-analysisRuns the preregistered statistical analysis on collected data: effect sizes with confidence intervals, multiple-comparison correction, robustness checks, …
/research-paperAssembles a paper draft from the synthesis, study design, and analysis, with every citation checked to resolve.
/research-reviewHostile peer review of a paper, from a research suite or a supplied PDF or text: scores novelty, rigor, reproducibility, ethics; ranks revisions.
/research-publishBuilds the venue submission package for a reviewed paper: template formatting, cover letter, data and code availability statement, ethics and conflict …
/research-disseminatePlans post-acceptance dissemination and impact: preprint announcement, FAIR data and code archive, altmetrics tracking, rebuttal loop.
/auditSweeps a repository across all eleven review dimensions in one multi-agent run and returns one verified, severity-ranked report; it never fixes anything.
/a11y-auditAudits rendered pages of a web surface against WCAG 2.2 AA and reports severity-ranked findings per page, without fixing anything.
/architecture-reviewReviews a repository against its design document and layer rules, reporting boundary violations, coupling and wiring gaps as ranked findings.
/code-auditCross-file forensic audit: hidden coupling, type-hint gaps, coverage holes, dead and duplicate code.
/code-reviewReviews source files one at a time for readability, naming, complexity, idiom fit and comment quality, and reports severity-ranked findings without editing.
/dependency-auditAudits direct and transitive dependencies for known vulnerabilities, license conflicts, deprecation and loose pins, ranking findings per dependency.
/docs-reviewReviews documentation pages for prose clarity, broken links, code-block tags, citations and public-API coverage, reporting severity-ranked findings per page.
/perf-auditAudits an Apothem installation's per-class budgets (hooks, ecosystem verification, conformity gate, tests, agents, shell, lint) with its benchmark drivers, …
/security-auditAudits a repository's security posture: secrets, injection, unsafe deserialization, path traversal, vulnerable dependencies.
/supply-chain-auditAudits a repository's release pipeline: build provenance, artifact signing, SBOM completeness, pinned CI actions and minimum permissions.
/threat-model-auditThreat-models a repository with STRIDE per element and trust boundaries, classifying actors and rating residual risk.
/ux-reviewReviews a repository's developer experience from a first-time user's view: CLI ergonomics, error messages, install flow and docs discoverability.
/fortressHardens a repository end to end: runs the audit sweep, verifies each finding, remediates survivors through the surgical-guard, secret-rotation and vuln-triage …
/elevateWhole-repository elevation: runs the audit sweep, then critiques naming, structure, storytelling and extensibility, remediates what it finds (deletions are …
/evalRuns one evaluation campaign for a language model or prompt: scores each output over a dataset and reports metrics by category plus regressions against a …
/freshifyUse when a repository must be made fresh and release-clean: purges caches and stale artifacts, removes legacy narrative and back-references, normalizes file …
/github-deploy-freshUse when a GitHub repository needs one clean first release on origin/main: a single v0.1.0 release commit, green workflow cards, a first-version changelog, and …
/github-deploy-nextUse to run the next release cycle on a GitHub repository: merge ready pull requests, resolve the issues the release addresses, derive the SemVer bump from …
/projectifyBuilds the Description, Instruction and knowledge files for a chat-app Project or custom assistant through guided questions, within the platform's context …
/release-readinessPre-release gate sweep: use before shipping a repository to check lint, format, types, tests, dependency and supply-chain risk, visibility surfaces, changelog …
/test-suiteAuthors and runs behavior-first tests for a repository, triages failures and reports coverage gaps on critical paths.
/workflowUse to run a non-trivial mission as an independent multi-agent workflow: parallel subagents under named return contracts, refute-by-default verification of …

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