MCP サーバー

Model Context Protocol（MCP）サーバーはオペレーター所有です。Apothem は MCP インベントリを 共有プロファイル（mcp_servers）に保持します。ツールが MCP サーバーを、Apothem がすでに 書き込んでいる設定ファイルに保持している場合、そのアダプターはインベントリをそのファイルに 投影します。それ以外のアダプターはサーバーエントリを記述せず、サーバーはツールを通じて あなたが登録するものであり続けます。

インベントリを投影するアダプターCopy Anchor Link

以下の表は、各アダプターについて、ハーネスレジストリの mcp_servers ケイパビリティセルから 生成されます。

MCP サーバーが登録される場所Copy Anchor Link

各ツールは独自のネイティブ機構を通じて MCP サーバーを登録し、Apothem はその面を上書きする のではなく尊重します。Claude Code では、サーバーは claude mcp add によって ~/.claude.json（ユーザースコープまたはローカルスコープ）と、プロジェクトレベルの .mcp.json に登録されます。Claude Code アダプターはどちらのファイルも書き込まず、 Apothem が管理する Claude Code の設定が mcpServers ブロックを持つことは決してありません。

ヘルパーに MCP サーバーへのアクセスを与えるCopy Anchor Link

読み取り専用のリサーチエージェント（research-scout、citation-auditor）は、 Read, Glob, Grep, WebSearch, WebFetch という明示的な tools 一覧を持って同梱されています。Claude Code が サブエージェントの明示的な一覧に MCP ツールを認めるのは、エントリが mcp__<server>__* の形式でサーバーを 名指ししている場合だけです。プロファイルの agent_mcp_servers キーは、エージェントごとにそれらのサーバーを 名指しします:

agent_mcp_servers:
  research-scout:
    - "your-scholarly-server"
  citation-auditor:
    - "your-scholarly-server"

Claude Code のインストールは、名指しされたサーバーごとに 1 つの mcp__<server>__* エントリを、列挙された 各エージェントの tools 行に追加し、他のエージェントや行は変更しません。キーがなければ、すべての エージェントは素の一覧を保持するため、どのエージェントも MCP ツールには到達しません。各サーバー名は、 /mcp が示すとおりに書いてください。Claude Code はツール名の中で : と . を _ として書くため、 インストールはサーバー plugin:bio-research:biorxiv を mcp__plugin_bio-research_biorxiv__* として レンダリングします。名前は文字、数字、-、_、:、. からなり、文字または数字で始まって終わり、 _、:、. のうち 2 つが連続することは決してありません（レンダリングされたエントリが __ を含むことに なるため）。*、空白、およびその他のすべての文字は拒否されます。 付与はそのサーバーのすべてのツールを、書き込むものも含めて名指しするため、検索・参照用として信頼できる サーバーだけを付与してください。エージェントの指示はそれらを参照に限定していますが、ハーネスが強制するのは あなたが列挙した名前だけです。存在しないエージェント、または明示的な tools 一覧を持たないエージェントに 対する付与は、報告されてスキップされます。harnesses.claude-code の下のハーネスごとのオーバーライドは、 共有の一覧に追加されます。

付与は、Claude Code と Gemini CLI のエンジンインストール（apothem install）に適用されます。 Gemini CLI では、インストールは名指しされたサーバーごとに 1 つの mcp_<server>_* エントリ（たとえば mcp_your-scholarly-server_*）を、列挙されたエージェントの tools 許可リストに追加し、他のエージェントや 行は変更しません。Gemini CLI はすべての MCP ツールを mcp_{serverName}_{toolName} と名付け、mcp_ の 後の最初のアンダースコアまでのテキストからサーバーを読み取るため、アンダースコアを含むサーバー名は そこでは指定できません。Apothem が Gemini CLI の付与を書き込むのは、文字、数字、- からなる名前に 対してだけです。アンダースコア、コロン、ピリオドを含む名前は Claude Code では有効ですが、 Gemini CLI ではスキップされて報告され、別の名前に書き換えられることは決してありません。すでに すべての MCP サーバーに到達するエージェント（tools 一覧がない、または mcp_* を含む一覧を持つ）は 変更されずに報告されます。Gemini CLI には拒否リストがないため、エージェント自身の disallowedTools が 名指しするサーバーにはエントリが与えられず、報告されます。Claude Code と同様に、拒否が優先します。 Gemini の付与は、共有の agent_mcp_servers の一覧と harnesses.gemini-cli のオーバーライドを読み、 harnesses.claude-code のものは読みません。その他のハーネスはこのキーを無視します。Qwen Code は tools についてサーバーごとのエントリを文書化しておらず、OpenCode はパーミッションを通じてツールを 制御し、Codex と Antigravity はツール一覧を出力しません。

Claude Code プラグインはプロファイルなしで組み立てられるため、その 2 つのエージェントは素の一覧を 保持します。プラグインのファイルを編集せずにそれらにコネクターへのアクセスを与えるには、 ~/.claude/agents/ に、自分で選んだ名前で独自のユーザーレベルのエージェントを定義し、同じ読み取り専用の tools 一覧に、必要な mcp__<server>__* エントリを加えたものを持たせてください。

サーバーの追加Copy Anchor Link

サーバーは、使用しているツールのネイティブ機構を通じて登録してください。正規のエントリの形は、 mcpServers の下の 1 つのキーです:

{
  "mcpServers": {
    "filesystem": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@modelcontextprotocol/server-filesystem", "/some/path"]
    }
  }
}

ツールのランタイムは、セッション開始時に登録済みのサーバーを読み込みます。新しいサーバーを 取り込むには、ツールを再起動してください。

命名規約Copy Anchor Link

MCP ツールは、ツールの標準的な MCP ツール命名規約に従い、mcp__<server>__<tool> として アシスタントに現れます。