パイプラインコマンド

Apothem は、アーキテクチャを考慮した /plan パイプライン、13 ステージの /research パイプライン、そして 11 コマンドの監査シーケンスを出荷しています。 これにより、すべてのプロジェクトに、生の散文から本番品質で多軸のレビューを経たコードへ、 そして生のアイデアから広く発信され査読を経た論文へと至る、構造化された道筋が与えられます。

パイプラインの概要Copy Anchor Link

flowchart LR
    accTitle: Plan pipeline command flow
    accDescr: Left-to-right flowchart of the apothem plan pipeline from the spec stage through the generate and review stages, then through a conditional architecture-bearing decision that either runs the design stage or skips directly to the execute stage. The orthogonal audit stage wraps the spec-through-review span as a closed remediation loop, and the re-entrant amend stage revises an existing suite and returns it to review.
    A[/plan-spec] --> B[/plan-generate]
    B --> C[/plan-review]
    AUD[/plan-audit<br/>orthogonal: wraps spec → review] -.->|closed-loop remediation| A
    AM[/plan-amend<br/>re-entrant: revises an existing suite] -.->|re-review| C
    C --> Q{Architecture-bearing suite?}
    Q -->|yes| F[/plan-design<br/>emit _inputs/design.md]
    Q -->|no| D[/plan-execute]
    F --> D
    D --> E[/plan-status]
    D --> G[Audit review sequence]
    G --> H[Completion milestone]

プランニングのステージCopy Anchor Link

パイプラインは、ステージごとに 1 つずつ、8 つのファーストクラスのスラッシュコマンドとして出荷されます — それぞれ /plan-<stage> として個別に呼び出せます。 /plan オーケストレーターは、ミッションから実行済みのスイートまで、これらのステージを駆動します。

/plan-audit は線形フローに対して直交しており、その中のステージではありません。 /plan-spec → /plan-generate → /plan-review を 1 つのクローズドループとしてラップし、 欠けている上流のステージだけを実行し、検出結果を能動的に是正し、スイートを /plan-execute の準備が整った状態にします。 これは後述の監査レビューシーケンスとは別物です。監査レビューシーケンスは、プランスイートではなく、実行済みのコードベースを監査します。

/plan-design は、すべての場合に行う儀式ではありません。/plan-review は、 スイートがアーキテクチャに関わる面を変更するかどうかを分類します。 変更する場合、/plan-design は、/plan-execute と /architecture-review が利用する設計トレースを出力します。 変更しない場合、レビュー済みのスイートはそのまま実行に進みます。

リサーチパイプラインCopy Anchor Link

リサーチパイプラインは、ステージごとに 1 つずつ、13 のファーストクラスのスラッシュコマンドとして出荷されます — それぞれ /research-<stage> として個別に呼び出せ、シーケンスゲートとハンドオフマニフェストによって連結され、 10 の厳密性マンデート（権威ある情報源、再現性、反証可能性、引用の完全性、事前登録、 倫理 / 利益相反、統計的厳密性、オープンサイエンス / FAIR、報告ガイドラインへの準拠、 理論的基盤 / インパクト）の下で動作します。

flowchart LR
    accTitle: Research pipeline command flow
    accDescr: Left-to-right flowchart of the apothem research pipeline from the ideate stage through spec, theory, sources, synthesis, proposal, study design, experiment, analysis, paper, and peer review to publish and disseminate, with a revision loop from review back to paper.
    RI[/research-ideate] --> RS[/research-spec]
    RS --> RT[/research-theory]
    RT --> RSO[/research-sources]
    RSO --> RSY[/research-synthesis]
    RSY --> RPR[/research-proposal]
    RPR --> RD[/research-design]
    RD --> RE[/research-experiment]
    RE --> RA[/research-analysis]
    RA --> RP[/research-paper]
    RP --> RR[/research-review]
    RR --> RPU[/research-publish]
    RPU --> RDI[/research-disseminate]
    RR -.->|revision loop| RP

/research のラップ型ワークフローオーケストレーターは、生の問いから公開された論文まで、 これらのステージを駆動します（オーケストレーター自体はステージではありません）。 次のステージが前のステージの出力に基づいて構築を始める前に、各ステージの出力を独立してチェックします。 --quick は、1 回限りの引用付きレポートのために /research-sources + /research-synthesis だけを実行します。

経験的なステージ（情報源、研究デザイン、実験、分析）と執筆のステージ（論文、レビュー、公開、普及）は、 さらに厳密性を運用に落とし込む面 — 公平な複数手法の比較、比較対象の来歴、実験プログラムの足場、 計算資源の利用計画、オプトインの自律実験ループ、完了の定義による前進ゲート、段階的な開示を伴う盲検化、検索記録、 研究の割り付けと検出力の計画、分析の規律、計画のコンティンジェンシー、図の完全性、口頭発表とポスターの計画 — を活用します。 これらは 10 のマンデートを拡張することなく、運用上の詳細を加えるものです。

監査レビューシーケンスCopy Anchor Link

/audit のラップ型ワークフローオーケストレーターは、以下の 11 の次元すべてを 1 回の並列パスで一掃します — /plan と /research に相当する監査フォートレス版です — そして、重複を排除し重大度で振り分けた 1 つの検出結果レポートにまとめます（レポートのみ。是正は /elevate に回されます）。各次元は個別に呼び出すこともできます。

/fortress のラップ型ワークフローオーケストレーターは、/audit が報告するループを閉じます。/audit を通じて検出し、各検出結果を検証し、検証を通過したすべての検出結果をその所有元の面で是正し、上限のあるループで再監査し、結果を /release-readiness でゲートします — /plan と /research に相当する本番堅牢化版です。

すべてのコマンドCopy Anchor Link

出荷されるすべてのコマンドです。src/apothem/commands/ 配下の定義から生成されます。 手書きのページがないコマンドには、同じ定義から生成されたページが用意されます。