ソースレイアウト

Apothem は PyPA の src-layout を採用し、インポート可能なすべての Python を src/apothem/ の下に配置しています。

なぜ src-layout なのか

• インポートの分離。 import apothem は src/ がパス上にあるときのみ解決され （エンジンは PYTHONPATH=src python -m apothem として実行されます）、無関係な ディレクトリから作業ツリーが誤ってインポートされることを防ぎます。
• 自己完結型ランタイム。 Apothem は依存関係を src/apothem/_vendor/ の下に ベンダリングした状態でチェックアウトから直接実行されます — インストール手順は不要です。 src-layout はそのインポート可能な表面を、リポジトリのツール群、テスト、スクリプトから きれいに分離した状態に保ちます。
• クリーンな配布。 同じレイアウトが、整った形式の sdist と wheel（および任意の pip install -e . 編集可能インストール）を生成し、その内容は出荷されるものと正確に一致し、 余計なトップレベルモジュールが紛れ込むことはありません。

ツリー構造

src/apothem/
    agents/         persistent agent definitions (*.md)
    audit/          inventory and provenance tools
    benchmarks/     performance benchmarks
    cli/            Click CLI (quickstart, install, update, uninstall, verify, status, diff, rollback, harnesses, profile, doctor, completion)
    commands/       slash command definitions (*.md)
    conformity/     mechanical gate checkers (*-grep.py)
    harnesses/      one sub-package per harness adapter (17 adapters)
    hooks/          hook dispatcher + message files
    lib/            shared Python library
    output-styles/  output-style definitions (*.md)
    rules/          behavioral rules (*.md)
    schemas/        YAML/JSON schemas
    skills/         reusable skill templates (folder/SKILL.md)
    statuslines/    status-line config (*.json)
    templates/      reusable template artifacts

インポート可能な成果物 vs. 構成成果物

src/apothem/ の下にある多くの項目は、Python モジュールではなく Markdown の構成成果物です。 インポート可能な Python 表面は次のとおりです。

• src/apothem/cli/（apothem エントリーポイントとして公開される Click CLI）
• src/apothem/harnesses/（17 のハーネスアダプターサブパッケージ）
• src/apothem/lib/（共有ライブラリ: プロファイル、レジストリ、マテリアライザー、伝播）
• src/apothem/hooks/（dispatch.py、lib/）
• src/apothem/conformity/（機械的な grep スクリプト）
• src/apothem/audit/（インベントリスクリプト）
• src/apothem/benchmarks/（性能ベンチマークドライバー）