CLI リファレンス

Apothem CLI リファレンス — すべてのサブコマンドとフラグ。

apothem CLI は、共有プロファイルとハーネスアダプターを管理するための主要なオペレーターインターフェースです。

グローバルフラグ

フラグ	説明
`--version`	Apothem のバージョンを表示して終了します
`--help`	コマンドのヘルプを表示します

サブコマンド

`apothem install`

共有プロファイルからハーネスアダプターをインストールします。

apothem install --harness <name|all> [--profile PATH] [--project PATH] [--dry-run]

オプション	説明
`--harness <name>`	ハーネスアダプター名（下記の正規の値を参照）。必須。
`--profile PATH`	共有プロファイル YAML へのパス。デフォルトは `~/.config/apothem/profile.yaml`。
`--project PATH`	プロジェクトスコープのハーネス向けのプロジェクトルート。
`--dry-run`	ファイルを書き込まずにインストールをプレビューします。

正規の --harness の値:

antigravity
claude-code
codebuddy
codex
cursor
gemini-cli
github-copilot
hermes
kiro
open-claw
opencode
qwen-code
trae
windsurf
zed

レジストリ全体の集合を選択するには --harness all --project <path> を使用します。プロファイルの exclude_harnesses リストは、インストール/更新のバッチ選択時に尊重されます。

`apothem update`

現在の共有プロファイルから、ハーネスアダプターのネイティブ設定を再導出します。

apothem update --harness <name|all> [--profile PATH] [--project PATH] [--dry-run]

オプション	説明
`--harness <name>`	ハーネスアダプター名。必須。
`--profile PATH`	共有プロファイル YAML へのパス。
`--project PATH`	プロジェクトスコープのハーネス向けのプロジェクトルート。
`--dry-run`	ファイルを書き込まずに更新をプレビューします。

update はハーネスの出力を再マテリアライズします。Apothem CLI パッケージ自体は更新しません。パッケージのアップグレードには、Apothem をインストールしたパッケージマネージャーを使用してください。

`apothem uninstall`

ハーネスアダプターのネイティブ設定を削除します。

apothem uninstall --harness <name|all> [--project PATH] [--yes]

オプション	説明
`--harness <name>`	ハーネスアダプター名。必須。
`--project PATH`	プロジェクトスコープのハーネス向けのプロジェクトルート。
`--yes`	確認プロンプトをスキップします。

`apothem verify`

ハーネスアダプターがインストールされており、その出力パスが存在することを検証します。

apothem verify --harness <name|all> [--project PATH]

オプション	説明
`--harness <name>`	ハーネスアダプター名、または `all`。必須。
`--project PATH`	プロジェクトスコープのハーネス向けのプロジェクトルート。

アダプターがインストールされている場合の終了コードは 0、そうでない場合は 1 です。

`apothem profile`

共有 Apothem プロファイルを管理します。

apothem profile show [--profile PATH]
apothem profile init [--profile PATH] [--force]
apothem profile set <key> <value> [--profile PATH]
apothem profile edit [--profile PATH]

サブコマンド	説明
`profile init`	スキーマに準拠した最小限のプロファイルのひな型を作成します。
`profile show`	解決済みのプロファイル（YAML）を stdout に表示します。
`profile set <key> <value>`	プロファイルのフィールドを設定します。値は YAML としてパースされます（文字列、数値、ブール値、リスト、マッピングがすべて受け付けられます）。
`profile edit`	`$EDITOR` でプロファイルを開きます（プラットフォーム既定のエディターにフォールバックします）。

--profile PATH オプションは、各サブコマンドを別のプロファイルファイルに向けます。デフォルトは ~/.config/apothem/profile.yaml。

`apothem harnesses`

登録済みのハーネスアダプターを一覧表示し、検査します。

apothem harnesses list
apothem harnesses show <name>

サブコマンド	説明
`harnesses list`	登録済みの各アダプターを、そのインストール状態フラグと出力パスとともに表として表示します。
`harnesses show <name>`	1 つのアダプターの名前、インストール状態、出力パスを表示します。

`apothem doctor`

Apothem インストールのシステム診断を実行します。

apothem doctor

Apothem のバージョン、Python インタープリター、プラットフォーム、解決されたプロファイルパス、およびハーネスごとのインストール状態の表を出力します。登録済みのすべてのアダプターがインストール済みを報告した場合の終了コードは 0、そうでない場合は 1 です。

生成されたコマンドとフラグのリファレンス

Command	Flags	Description
`apothem completion`	—	Print a shell-completion script for SHELL to stdout. Supported shells: bash, zsh, fish, powershell. Every script is generated by Click's env-var completion protocol — PowerShell through the completion class registered above, since Click ships none natively. Enabling completion is opt-in: this command only prints the script — pipe or append it to the shell's completion file yourself (see `--help`).
`apothem diff`	`--format`, `--harness`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--project`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Preview the pending configuration changes for a single harness.
`apothem doctor`	`--format`, `--json`, `--no-color`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Report Apothem environment and installation health, exiting non-zero on any failure. Prints the engine version, Python, and platform, validates the shared profile against the packaged schema — a present-but-malformed profile is a failure, not a green "found" — and probes every registered adapter's install state. An adapter that raises degrades to an error row rather than aborting the sweep. Any failed check — an invalid profile, or a harness that is uninstalled or could not be probed — forces a non-zero exit so a CI or setup step can gate on it.
`apothem harnesses list`	`--format`, `--json`, `--no-color`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	List all registered harness adapters.
`apothem harnesses show`	`--format`, `--json`, `--no-color`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Show details for a specific harness adapter.
`apothem install`	`--clean, --fresh`, `--dry-run`, `--format`, `--harness`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--project`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`, `--yes`	Install a harness adapter configuration.
`apothem migrate-workspace`	`--dry-run`, `--format`, `--json`, `--no-color`, `--project`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Migrate a legacy per-harness workspace into the shared `.apothem` layout. The base is the resolved `--project` root when supplied, otherwise the current working directory (the project-local default). Per-harness memory/contexts/learning stores union-merge into the shared store; a conflicting record is skipped, never overwritten; a legacy `.plans` tree moves under `.apothem/plans`; every consumed source is backed up first. The migration is idempotent.
`apothem profile edit`	`--format`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Open the shared profile in the system editor.
`apothem profile init`	`--force`, `--format`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Create a schema-valid shared profile scaffold.
`apothem profile set`	`--format`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Set a key in the shared profile. KEY is a dotted path that descends into the nested profile structure (`identity.name`, `preferences.style`, `enforcement.sprints`, `harnesses.<harness>.preferences.style`); a single key with no dot sets a top-level node. VALUE is stored as a literal string — bare words are not coerced (`no` stays `"no"`, `2024-01-01` and `1.0` stay strings) — except `true`/`false` (the boolean enforcement flags) and explicit `[...]`/`{...}` list/map input. The fully-assembled profile is validated against the packaged schema BEFORE writing; an invalid set is refused with the standard diagnostic and the profile on disk is unchanged.
`apothem profile show`	`--format`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Display the current shared profile.
`apothem quickstart`	`--format`, `--harness`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--project`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`, `--yes`	Guided first run: ensure a profile, preview the writes, then install. Walks a new operator through the canonical path in one linear flow — create a starter profile if none exists (with a personalize nudge), preview the files each harness will write (project root vs your home directory), confirm, then install with the grouped capability-note output — and ends with the recommended next commands. `--yes` runs the whole sequence non-interactively; `--format json` emits one structured summary of every step. It composes the install building blocks; it does not duplicate them.
`apothem rollback`	`--format`, `--harness`, `--install-id`, `--json`, `--last`, `--no-color`, `--project`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`, `--yes`	Restore a harness to the state before its recorded install.
`apothem status`	`--format`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--project`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Report install, verify, and drift state for every registered harness.
`apothem uninstall`	`--format`, `--harness`, `--json`, `--no-color`, `--project`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`, `--yes`	Remove a harness adapter configuration.
`apothem update`	`--dry-run`, `--format`, `--harness`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--project`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Re-install a harness adapter configuration from the current profile.
`apothem verify`	`--format`, `--harness`, `--json`, `--no-color`, `--profile`, `--project`, `--quiet, -q`, `--verbose, -v`	Verify a harness adapter installation. Without `--profile` the check is structural: every managed target must be present and valid. With `--profile` the check additionally requires profile fidelity, so a present-but-drifted install fails verify — answering "is THIS profile faithfully installed?" rather than merely "does it exist?".

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