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Apothem
Référence

Auxiliaires

Auxiliaires persistants pour la recherche, l'audit, la qualité et l'orchestration, avec contrats de frontmatter et protocoles d'isolation de déploiement.

Les auxiliaires persistants vivent sous forme de fichiers plats dans le répertoire canonique des auxiliaires, avec le suffixe <name>.md. Le chemin canonique est :

src/apothem/agents/

Chaque auxiliaire est un rôle ciblé, tel que la recherche, l'audit, la qualité, la refactorisation ou la génération de squelettes, doté de ses propres restrictions d'outils et de son propre prompt système.

Le tableau et la liste de chemins ci-dessous présentent quatre des auxiliaires. L'inventaire généré à la fin de cette page liste chaque définition d'auxiliaire.

AuxiliaireFichierMotifPolitique de modèle
Codebase Explorervoir le chemin du manifeste ci-dessousRecherchesélectionné par l'hôte
Convention Auditorvoir le chemin du manifeste ci-dessousAuditsélectionné par l'hôte
Quality Gatevoir le chemin du manifeste ci-dessousQualitésélectionné par l'hôte
Memory Auditorvoir le chemin du manifeste ci-dessousAuditsélectionné par l'hôte

Chemins canoniques du manifeste :

src/apothem/agents/codebase-explorer.md
src/apothem/agents/convention-auditor.md
src/apothem/agents/quality-gate.md
src/apothem/agents/memory-auditor.md

Contrat de frontmatter

---
name: <agent name>
version: <semver>
updated: <YYYY-MM-DD>
description: <one-line role>
tools: <comma-separated tool list>
disallowedTools: <comma-separated deny list>
maxTurns: <integer>
---

tools est facultatif. Un auxiliaire qui l'omet hérite de chaque outil dont dispose la session, outils MCP connectés compris, et disallowedTools porte sa limite. Les quatorze auxiliaires livrés listent tous tools.

Serveurs MCP connectés

Un auxiliaire qui liste tools ne peut appeler que ce qu'il liste. Claude Code n'admet un outil MCP dans cette liste que lorsque l'entrée nomme le serveur, comme dans mcp__<server>__* ; un mcp__* seul est documenté comme entrée de disallowedTools et nulle part ailleurs. Les noms de serveurs appartiennent à la personne qui les connecte, de sorte qu'un auxiliaire livré ne peut pas les nommer.

citation-auditor et research-scout recherchent des sources savantes. Chacun est livré avec tools: Read, Glob, Grep, WebSearch, WebFetch et refuse les outils qui écrivent des fichiers, exécutent des commandes, lancent d'autres auxiliaires ou publient : Write, Edit, MultiEdit, NotebookEdit, Bash, PowerShell, Monitor, Agent, Artifact et les outils de liste de tâches. Sans réglage de profil, aucun des deux n'atteint un outil MCP, et tous deux recherchent les sources par la recherche web et la récupération web.

Pour donner à l'un d'eux un index savant connecté, nommez le serveur dans la clé agent_mcp_servers du profil, qui associe un nom d'agent à des noms de serveurs. L'installation de Claude Code par le moteur (apothem install) ajoute alors une entrée mcp__<server>__* par serveur nommé à la ligne tools de cet agent, et ne modifie aucun autre agent. L'installation de Gemini CLI fait de même avec une entrée mcp_<server>_* par serveur dans la liste d'autorisation tools de l'agent, pour un nom de serveur composé de lettres, de chiffres et de -. Sur les deux, un serveur que nomme le propre disallowedTools de l'agent reste refusé. L'entrée admet chaque outil de ce serveur, y compris ceux qui écrivent, ne nommez donc qu'un serveur auquel vous faites confiance pour des recherches : les instructions des auxiliaires les limitent aux appels de recherche, de consultation, de lecture, de vérification et de résolution, mais l'environnement n'applique que les noms que liste la ligne tools. Un nom pour un agent qui n'existe pas, ou qui n'a pas de ligne tools explicite, est signalé et ignoré.

Les environnements autres que Claude Code et Gemini CLI ignorent la clé. L'arborescence du plugin Claude Code est assemblée sans profil et conserve la liste simple, de sorte qu'un utilisateur du plugin définit plutôt un agent de niveau utilisateur sous ~/.claude/agents/. La syntaxe du profil, les règles sur les noms de serveurs et ce contournement se trouvent sur Donner à un auxiliaire l'accès aux serveurs MCP.

Conversion par environnement

Un auxiliaire dont l'octroi tools, après application de disallowedTools, n'inclut aucun outil de modification de fichiers (Write, Edit, MultiEdit ou NotebookEdit) est en lecture seule. Un auxiliaire sans octroi tools est en lecture seule lorsque disallowedTools refuse au moins Write et Edit. Chaque environnement qui convertit les auxiliaires applique cette limite nativement, l'énonce dans les instructions de l'auxiliaire ou retire la mention de lecture seule :

EnvironnementLimite d'outilsLimite de toursModèle et effort
Claude Codetools / disallowedTools tels qu'écrits, plus les éventuelles entrées mcp__<server>__* que la clé agent_mcp_servers du profil ajoute à une ligne tools listée ; sans tools, chaque outil est hérité, MCP comprismaxTurnshérité (non défini)
Codexaucune émise ; les instructions de l'auxiliaire l'énoncent, et le bac à sable de la session parente régit les écrituresnon disponiblehérité (non défini)
Gemini CLIliste d'autorisation tools de noms d'outils Gemini, plus les éventuelles entrées mcp_<server>_* que la clé agent_mcp_servers du profil ajoute à une liste explicite listée ; sans tools, la liste d'autorisation qu'impliquent les refus plus mcp_*max_turnshérité (non défini)
Qwen Codetools / disallowedTools en noms d'outils Qwen ; sans tools, aucune liste n'est émise, de sorte que les outils MCP sont hérités et que les refus s'appliquentnon mappémodel: inherit
OpenCodepermission (allow / deny par outil) ; les outils MCP ne sont pas restreintsnon mappéhérité (non défini)
Antigravityaucune émise ; la description retire « read-only »non disponiblehérité (non défini)
CodeBuddytools / disallowedTools sous forme de chaînes séparées par des virgules, limitées aux noms d'outils que documente CodeBuddy ; aucune entrée MCPmaxTurnshérité (non défini)
Traetools / disallowedTools sous forme de chaînes séparées par des virgules, limitées aux noms d'outils que documente Trae ; aucune entrée MCPnon disponiblehérité (non défini)
GitHub Copilotliste d'autorisation tools d'alias Copilot (read, search, edit, execute, web, agent, todo) dans laquelle les refus sont intégrés, car Copilot n'a pas de clé de refus ; un alias qui couvre un outil refusé est omis ; aucune entrée MCPnon disponiblehérité (non défini)
Cursoraucune liste d'outils (Cursor n'en a pas) ; readonly: true pour les cinq auxiliaires en lecture seule sans Bash, et les autres auxiliaires en lecture seule retirent la mention « read-only »non disponiblehérité (non défini)
Kimi Codetools / disallowedTools sous forme de listes de noms d'outils Kimi Code (WebFetch devient FetchURL, TodoWrite devient TodoList ; les noms pour lesquels Kimi Code n'a pas d'outil sont omis) ; aucune entrée MCPnon disponiblehérité (non défini)
Kiroliste d'autorisation tools de catégories d'outils Kiro (read, write, shell, web, subagent) dans laquelle les refus sont intégrés, car la liste est la seule restriction écrite ; une catégorie qui couvre un outil refusé est omise ; aucune entrée MCPnon disponiblehérité (non défini)
Windsurfliste d'autorisation allowed-tools de noms d'outils Devin (read, edit, grep, glob, exec, write) dans laquelle les refus sont intégrés, car Devin n'a pas de clé de refus ; les trois auxiliaires qui ont besoin d'outils web ne sont pas installés ; aucune entrée MCPnon disponiblemodèle de sous-agent par défaut de Devin (non défini)

Hermes et Open-Claw reçoivent les fichiers des auxiliaires comme matériel de support, et non comme auxiliaires natifs.

Orchestration

Le déploiement des auxiliaires, le protocole de lancement en parallèle, l'application du contrat de retour et la discipline d'isolation vivent dans la règle d'orchestration. L'arbre de répartition par travailleur vit dans la règle des motifs d'orchestration, §Decision Tree. Chemins canoniques :

src/apothem/rules/agent-orchestration.md
src/apothem/rules/agent-orchestration-patterns.md

Inventaire généré des auxiliaires

NameDescriptionSource
READMEPersistent agent definitions — the reusable sub-agent specifications the harness materializes whenever the orchestrator deploys a research, audit, or quality team. Each agent is asrc/apothem/agents/README.md
citation-auditorRead-only citation audit — checks that each reference in a bibliography or cited passage exists, matches its record, and that the opened source states what the text attributes to it. Use when a draft cites sources: 'check my references', 'are these DOIs real', 'does this paper say what I cite it for'. Finding new sources routes to research-scout; a free-standing claim routes to fact-checker.src/apothem/agents/citation-auditor.md
codebase-explorerRead-only codebase exploration — exhaustively find every instance of a pattern, trace call/import dependencies, discover host conventions, map architecture and layering. Use when the query is 'where is X used', 'find all callers of Y', 'what convention does this repo follow for Z', 'map the module structure', or 'trace what depends on this file' — never for edits or design, and never for review verdicts (architecture-review, code-audit). Works through Grep / Glob / Read plus read-only Bash and returns evidence-cited findings (path + line + snippet) exhaustive within the declared scope; reports gaps rather than guessing.src/apothem/agents/codebase-explorer.md
convention-auditorRead-only conventions auditor: verify naming (kebab-case files, snake_case Python, frontmatter keys), cross-reference resolution (dead rule/skill/agent paths, broken anchors, half-edge bindings), formatting standards (SPDX header presence, frontmatter contract), and ecosystem coherence (orphan artifacts, sibling-convention drift, registry gaps). Dispatch when a change touches multiple rules/skills/agents/commands and you need a binary PASS/FINDING verdict per instance with file+line+expected+actual evidence — e.g. 'audit naming across the harness adapters', 'check every new rule resolves its Bindings cross-refs', 'verify the skills cohort matches the kebab-case + SKILL.md convention'. Read-only: never fixes, never runs shell. A whole-tree sweep, or any fix, is the ecosystem-audit skill. Conventions are owned upstream and verified against, never re-derived; every finding cites severity + evidence.src/apothem/agents/convention-auditor.md
dependency-auditorRead-only dependency-tree risk audit — flags unpinned, stale, duplicate, and known-vulnerable dependencies with manifest/lockfile evidence. Dispatch within a dependency audit, before a release cut, or after adding a dependency; one named CVE or advisory routes to the vuln-triage skill, and a signing or provenance review to the supply-chain-audit command. Detects the ecosystem via host-discovery: npm (package.json + package-lock/yarn/pnpm), pip (pyproject/requirements + lock), cargo (Cargo.toml + Cargo.lock), go (go.mod + go.sum). Runs npm audit / pip-audit / cargo audit / govulncheck and returns a risk-ranked table (known-vulnerable → unpinned → duplicate → stale) with per-row evidence; never widens a pin or escalates a scope — gaps surface as inquiry.src/apothem/agents/dependency-auditor.md
design-criticRead-only UI critique. Use for a design review, a usability or accessibility check, or 'what is wrong with this screen' before a UI ships. A WCAG sweep across a whole web surface routes to the a11y-audit command; a CLI or install-flow review to ux-review. Reviews code, screenshots, or a running page and returns fixes ranked by user impact, from a scored heuristic review and separately measured evidence. Opens with a degraded notice when measurement tooling is missing; never guesses a measurement.src/apothem/agents/design-critic.md
fact-checkerRead-only adversarial claim verification — decompose input into atomic claims, seek ≥2 independent sources, attempt refutation, assign cited verdicts (supported / refuted / unverifiable) with quoted evidence and confidence. Use when a claim needs proof before it ships: a benchmark or statistic in docs/copy, a 'X is faster/safer than Y' assertion, a citation that names an RFC or spec, a release note, or any factual claim a reviewer would challenge. Routes external claims through WebSearch / WebFetch and repository claims through Read / Glob / Grep; defaults to refuted-or-unverifiable when evidence is insufficient, never a charitable supported.src/apothem/agents/fact-checker.md
mcp-builderScaffold a Model Context Protocol (MCP) server skeleton from a tool/resource contract — contract-first, well-typed tools, minimal surface. Use when: 'build an MCP server for <API>', 'scaffold MCP tools from this spec', 'wire FastMCP/TypeScript-SDK tool definitions', 'add a tool that exposes <resource> over MCP'. Detection: tool names + argument shapes + return types + resource URIs are stated or derivable. Selects the SDK via host-discovery (FastMCP for Python, the TypeScript SDK for Node), emits one typed tool definition per contract entry plus a list-tools smoke test, and scaffolds nothing speculative. Not for: tuning, securing, or load-testing an existing server (those surface as adjacent gaps).src/apothem/agents/mcp-builder.md
memory-auditorRead-only memory-file auditor: cross-reference every claim in the harness memory tier (MEMORY.md index + topic files under <harness-root>/projects/{hash}/memory/ and <harness-root>/memory/) against actual filesystem state — file/line/rule counts (glob and count), referenced paths (do they exist?), rule scope labels (match pathFilter frontmatter?), dates (against frontmatter updated: or mtime, never the system clock), and cross-reference matrices. Dispatch when MEMORY.md or a topic file may have drifted from reality and you need a per-claim PASS/FAIL verdict with contradicting evidence — e.g. 'audit MEMORY.md after the rules cohort was renamed', 'verify the memory index counts match the current ecosystem', 'check the debugging topic file for stale references to deleted artifacts'. Existence + name match only; never re-audit an artifact's internal correctness (convention-auditor's scope). Read-only: never writes, never fixes.src/apothem/agents/memory-auditor.md
prompt-evaluatorRead-only rubric scoring of a prompt's output set — score each output against each named criterion (PASS/FAIL with cited evidence), aggregate per-criterion pass-rate, flag regressions against a baseline, and name recurring failure modes. Use when prompt or model outputs need a reproducible verdict before they ship: comparing a reprompted variant against the prior version, gating a system-prompt change, judging an LLM-as-judge eval set, scoring few-shot outputs against acceptance criteria, or proving a quality claim a reviewer would challenge. Scores outputs that already exist: building the dataset, scorer or runner routes to the eval-harness skill, and a full campaign to the eval command. Requires an explicit rubric — an absent or underspecified rubric blocks scoring and routes as inquiry; never invents a criterion or threshold, never scores charitably.src/apothem/agents/prompt-evaluator.md
quality-gateRead-only quality-gate runner — discovers the host's lint / type-check / test / security / build commands, runs them in the correct order (build → type-check → tests+lint+security in parallel), and returns a per-gate PASS/FAIL verdict with file+line+error evidence. Reports, never fixes. Dispatch as a Quality team before a release cut, after a multi-file change, or to confirm a fix is green — e.g. 'run the full quality matrix and tell me what fails', 'gate this branch before I push', 'is the test suite green and the types clean?'. Runs the whole matrix; tests alone route to test-runner. Detects tooling via host-discovery (ruff/eslint/markdownlint, mypy/tsc/pyright, pytest/jest/cargo test/go test, bandit/npm audit/gitleaks); never assumes a stack.src/apothem/agents/quality-gate.md
refactor-surgeonScoped, behavior-preserving refactor of a named target — extract the behavioral contract, re-derive clean-room (never edit in place), name the one deficiency removed, verify regression via the host's own tests. Dispatch as a delegated team member on a single named target with a clear refactor intent; a user-driven interactive extraction is the refactor-extract skill — e.g. 'consolidate the duplicated validation in the CLI's install module', 'untangle the nested conditionals in the config renderer without changing output', 'rename the god-object methods in the adapter class to reveal intent'. Touches only the named target; adjacent gaps surface as findings, never as edits. Behavior, contracts, and side effects are identical before and after; a behavior change is a defect.src/apothem/agents/refactor-surgeon.md
research-scoutRead-only source discovery and ranking — decompose a research question into facets, fan out parallel web queries, rank candidates by authority, recency, and relevance, and return a deduplicated ranked source list. Use when a question needs sources before it can be answered: 'find the authoritative spec/RFC for X', 'what are the primary sources on Y', 'gather current references for a docs/copy claim', 'survey the landscape before a deep dive'. Fans external facets through any scholarly index server the operator has granted it, WebSearch, and WebFetch, and any in-repo corpus through Read / Glob / Grep. Also looks up papers and preprints by DOI, arXiv id, or topic ('find the paper behind this DOI'), and scouts existing open-source projects before anything new is built ('is there already a library for this', 'adopt or fork'). Discovery and ranking only — never fabricates a URL, never synthesizes; a written cited report routes to the multi-source-research skill, claim verification to fact-checker, and combining given documents to source-synthesis.src/apothem/agents/research-scout.md
security-scannerRead-only secret, SAST-pattern, and config-risk sweep — a coarse first-pass that surfaces candidates fast and routes deep scanning to the host's CI scanners. Dispatch inside a security audit, after touching auth/crypto/IO surfaces, or when a secret may have been committed; a full repository security audit routes to the security-audit command. Greps for credential literals (key/token/password/private-key/certificate, committed .env values), injection surfaces (shell=True on untrusted input, string-formatted SQL, command interpolation), unsafe-eval (eval/exec/Invoke-Expression), unsafe deserialization (pickle.loads, yaml.load without SafeLoader), and config risk (over-broad CI permissions:, unpinned Actions uses:, network egress). Routes known-vulnerable dependencies to the dependency-auditor agent, CVE/advisory triage to the vuln-triage skill, and leaked-credential rotation to the secret-rotation skill.src/apothem/agents/security-scanner.md
test-runnerRead-only test-suite runner — discovers the host's test command, runs it, and triages every failure by root cause with test+file+line+assertion evidence. Reports, never fixes. Dispatch as a Research/Quality team member after a code change, before a release cut, or to confirm a fix is green — e.g. 'run the tests and tell me what's failing and why', 'is the suite green on this branch?', 'triage the failures in the auth module'. Tests only: lint, type and security gates route to quality-gate. Detects the runner via host-discovery (pytest/jest/cargo test/go test/Makefile target from the manifest + CI config); never assumes pytest.src/apothem/agents/test-runner.md

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