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Apothem
Commandes du pipeline

/research-experiment

/research-experiment — Exécute l'étude conçue et capture les données brutes avec une traçabilité complète, ainsi qu'un manifeste de reproductibilité (environnement, graine, protocole, versions épinglées).

Rôle : Investigateur principal (exécution) Position dans le pipeline : intermédiaire

Exécute l'étude ou l'expérience conçue et capture les données brutes avec une traçabilité complète. Garantit la reproductibilité : consigne l'environnement, la graine, le journal du protocole et les versions épinglées afin qu'une partie indépendante puisse réexécuter.

Invocation canonique

/research-experiment

Avec arguments :

/research-experiment [path/to/research-suite/]

Entrées

_inputs/study-design.md (la conception) et _inputs/preregistration.md (le plan d'analyse figé).

Sorties

_outputs/experiment-log.md (la trace horodatée du protocole), les données brutes à un emplacement naturel pour l'hôte, et _outputs/reproducibility-manifest.md (environnement, graine, protocole, versions épinglées).

En aval

/research-analysis (consommateur en aval)

Phases du flux de travail

La commande suit le flux de travail standard du pipeline /research :

  1. Charger le contexte — Lire la conception de l'étude et le préenregistrement.
  2. Vérifier la barrière de séquence — Confirmer que _inputs/study-design.md existe ; sinon, s'arrêter avec Blocked: run /research-design first.
  3. Exécuter et consigner — Exécuter le protocole ; capturer les données brutes avec leur traçabilité ; consigner la trace horodatée du protocole.
  4. Capturer la reproductibilité — Consigner l'environnement, la graine, le protocole et les versions épinglées.
  5. Mettre à jour le manifeste de transfert — Consigner l'emplacement des données et le manifeste de reproductibilité.
  6. Émettre le journal_outputs/experiment-log.md + données brutes + _outputs/reproducibility-manifest.md.

Seuil de rigueur

L'exécution lance une passe pilote pour calibrer les budgets et les plages, puis la comparaison complète sous un plan d'utilisation de calcul déclaré (allocation de cœurs, plafonds de mémoire, parallélisation sûre des répétitions indépendantes). Chaque méthode stochastique exécute son régime de répétitions préenregistré avec des graines consignées et un matériel journalisé. Une boucle d'expérimentation autonome, optionnelle et désactivée par défaut, est disponible : face à un harnais figé, elle propose une modification à une seule cible mutable, l'exécute au budget fixé, ne la conserve que si elle bat le titulaire, et journalise chaque essai.

Modes de défaillance

SymptômeCauseRécupération
Blocked: run /research-design firstAucune conception d'étudeExécuter /research-design pour produire _inputs/study-design.md
Exécution non reproductibleEnregistrement de la graine / de l'environnement manquantConsigner le manifeste de reproductibilité complet avant de continuer
Écart de protocole non documentéChangement en cours d'exécution non consignéConsigner l'écart dans le journal de l'expérience ; le divulguer lors de l'analyse

Exemples

# Exécuter l'étude conçue et capturer des données brutes reproductibles
/research-experiment path/to/research-suite/

Renvois

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