Disposition des sources

Apothem a adopté la src-layout de PyPA, plaçant tout le Python importable sous src/apothem/.

Pourquoi la src-layout

• Isolation des importations. import apothem ne se résout que lorsque src/ est sur le chemin (le moteur s'exécute via PYTHONPATH=src python -m apothem), ce qui empêche les importations accidentelles de l'arbre de travail depuis un répertoire sans rapport.
• Runtime autonome. Apothem s'exécute directement depuis un checkout avec ses dépendances vendorisées sous src/apothem/_vendor/ — aucune étape d'installation n'est requise. La src-layout garde cette surface importable proprement séparée de l'outillage, des tests et des scripts du dépôt.
• Distribution propre. La même disposition produit un sdist et un wheel bien formés (et une installation modifiable optionnelle pip install -e .) dont le contenu correspond exactement à ce qui est livré, sans modules parasites de premier niveau qui s'y glissent.

Structure de l'arborescence

src/apothem/
    agents/         persistent agent definitions (*.md)
    audit/          inventory and provenance tools
    benchmarks/     performance benchmarks
    cli/            Click CLI (quickstart, install, update, uninstall, verify, status, diff, rollback, harnesses, profile, doctor, completion)
    commands/       slash command definitions (*.md)
    conformity/     mechanical gate checkers (*-grep.py)
    harnesses/      one sub-package per harness adapter (17 adapters)
    hooks/          hook dispatcher + message files
    lib/            shared Python library
    output-styles/  output-style definitions (*.md)
    rules/          behavioral rules (*.md)
    schemas/        YAML/JSON schemas
    skills/         reusable skill templates (folder/SKILL.md)
    statuslines/    status-line config (*.json)
    templates/      reusable template artifacts

Artefacts importables vs. de configuration

De nombreux éléments sous src/apothem/ sont des artefacts de configuration en Markdown, et non des modules Python. La surface Python importable est :

• src/apothem/cli/ (la CLI Click exposée comme point d'entrée apothem)
• src/apothem/harnesses/ (les 17 sous-paquets d'adaptateurs d'environnement)
• src/apothem/lib/ (bibliothèque partagée : profil, registre, matérialiseur, propagation)
• src/apothem/hooks/ (dispatch.py, lib/)
• src/apothem/conformity/ (scripts grep mécaniques)
• src/apothem/audit/ (scripts d'inventaire)
• src/apothem/benchmarks/ (pilotes de tests de performance)