Commandes du pipeline
Référence des commandes du pipeline Apothem — le flux /plan et le catalogue des commandes d'audit.
Apothem fournit un pipeline /plan conscient de l'architecture, un pipeline
/research à treize étapes, ainsi qu'une séquence d'audit de onze commandes —
ce qui donne à chaque projet un parcours structuré de la prose brute jusqu'à du
code de niveau production revu sur plusieurs axes, et d'une idée brute jusqu'à
un article diffusé et évalué par les pairs.
Vue d'ensemble du pipeline
flowchart LR
accTitle: Plan pipeline command flow
accDescr: Left-to-right flowchart of the apothem plan pipeline from the spec stage through the generate and review stages, then through a conditional architecture-bearing decision that either runs the design stage or skips directly to the execute stage. The orthogonal audit stage wraps the spec-through-review span as a closed remediation loop, and the re-entrant amend stage revises an existing suite and returns it to review.
A[/plan-spec] --> B[/plan-generate]
B --> C[/plan-review]
AUD[/plan-audit<br/>orthogonal: wraps spec → review] -.->|closed-loop remediation| A
AM[/plan-amend<br/>re-entrant: revises an existing suite] -.->|re-review| C
C --> Q{Architecture-bearing suite?}
Q -->|yes| F[/plan-design<br/>emit _inputs/design.md]
Q -->|no| D[/plan-execute]
F --> D
D --> E[/plan-status]
D --> G[Audit review sequence]
G --> H[Completion milestone]Les étapes de planification
Le pipeline est livré sous forme de huit commandes slash de premier rang, une
par étape — chacune invocable indépendamment sous la forme /plan-<stage>.
L'orchestrateur /plan les pilote d'une mission jusqu'à
une suite exécutée.
| Étape | Rôle | Position |
|---|---|---|
| /plan-spec | Forge — de la prose à la spécification | Tête |
| /plan-generate | Générateur — de la spécification à la suite de planification | Milieu de chaîne |
| /plan-review | Auditeur — audit forensique du plan | Milieu de chaîne |
| /plan-design | Architecte — _inputs/design.md pour les suites porteuses d'architecture | Portail conditionnel |
| /plan-execute | Exécuteur — exécution des phases | Terminale |
| /plan-status | Rapporteur — état en lecture seule | Lecture seule |
| /plan-audit | Gardien — enveloppe en boucle fermée de spec → generate → review | Orthogonale (avant l'exécution) |
| /plan-amend | Intendant — amendement réentrant d'une suite existante | Réentrante |
/plan-audit est orthogonal au flux linéaire, et non une étape en son sein. Il
enveloppe /plan-spec → /plan-generate → /plan-review en une seule boucle
fermée, n'exécute que les étapes amont manquantes, remédie activement aux
constats et laisse la suite prête pour /plan-execute. Il est distinct de la
séquence de revue d'audit ci-dessous, qui audite une base de code exécutée
plutôt qu'une suite de planification.
/plan-design n'est pas une cérémonie universelle. /plan-review détermine si
la suite modifie des surfaces porteuses d'architecture. Si oui, /plan-design
émet la trace de conception que consomment /plan-execute et
/architecture-review. Si non, la suite revue passe directement à l'exécution.
Le pipeline de recherche
Le pipeline de recherche est livré sous forme de treize commandes slash de
premier rang, une par étape — chacune invocable indépendamment sous la forme
/research-<stage>, enchaînées par un Portail de séquence et un Manifeste de transfert, sous dix mandats de rigueur (sources faisant autorité,
reproductibilité, falsifiabilité, intégrité des citations, préenregistrement,
éthique / conflits d'intérêts, rigueur statistique, science ouverte / FAIR,
conformité aux lignes directrices de rédaction, ancrage théorique / impact).
flowchart LR
accTitle: Research pipeline command flow
accDescr: Left-to-right flowchart of the apothem research pipeline from the ideate stage through spec, theory, sources, synthesis, proposal, study design, experiment, analysis, paper, and peer review to publish and disseminate, with a revision loop from review back to paper.
RI[/research-ideate] --> RS[/research-spec]
RS --> RT[/research-theory]
RT --> RSO[/research-sources]
RSO --> RSY[/research-synthesis]
RSY --> RPR[/research-proposal]
RPR --> RD[/research-design]
RD --> RE[/research-experiment]
RE --> RA[/research-analysis]
RA --> RP[/research-paper]
RP --> RR[/research-review]
RR --> RPU[/research-publish]
RPU --> RDI[/research-disseminate]
RR -.->|revision loop| RP| Étape | Rôle | Position |
|---|---|---|
| /research-ideate | Formuler le problème — questions candidates à partir d'une amorce de domaine | Tête |
| /research-spec | Cadrer la question — hypothèses falsifiables + périmètre | Milieu de chaîne |
| /research-theory | Cadre conceptuel + théorie du changement | Milieu de chaîne |
| /research-sources | Collecte systématique des sources avec un registre de recherche réexécutable | Milieu de chaîne |
| /research-synthesis | Cartographie de l'état de l'art + analyse des lacunes | Milieu de chaîne |
| /research-proposal | Objectifs + faisabilité + plans de contingence + impact + plan de données + plan de préenregistrement ; matrice de l'appel du financeur ou réponse de resoumission | Milieu de chaîne |
| /research-design | Conception de l'étude + préenregistrement | Milieu de chaîne |
| /research-experiment | Exécuter + consigner, de façon reproductible | Milieu de chaîne |
| /research-analysis | Résultats + statistiques | Milieu de chaîne |
| /research-paper | Brouillon d'article de premier plan | Milieu de chaîne |
| /research-review | Critique de niveau évaluation par les pairs | Milieu de chaîne |
| /research-publish | Dossier pour le lieu de publication + soumission | Milieu de chaîne |
| /research-disseminate | Diffusion + impact + archivage FAIR | Terminale |
L'orchestrateur de flux de travail enveloppé /research pilote ces étapes de la
question brute jusqu'à l'article publié (il n'est pas lui-même une étape), en
vérifiant indépendamment la sortie de chaque étape avant que l'étape suivante ne
s'appuie dessus ; --quick n'exécute que /research-sources +
/research-synthesis pour produire un rapport cité en une seule passe.
Les étapes empiriques (sources, conception, expérience, analyse) et les étapes de rédaction (article, évaluation, publication, diffusion) s'appuient en outre sur des surfaces de rigueur opérationnelles — comparaison multi-méthodes équitable, provenance des comparateurs, une structure de programme d'expérimentation, un plan d'utilisation du calcul, une boucle d'expérimentation autonome optionnelle, un portail d'avancement fondé sur la définition de « fini », l'aveuglement avec divulgation par étapes, un registre de recherche, l'allocation de l'étude et la planification de la puissance, la discipline d'analyse, les plans de contingence, l'intégrité des figures et la planification des présentations et des posters — qui ajoutent du détail opérationnel aux dix mandats sans les étendre.
Séquence de revue d'audit
L'orchestrateur de flux de travail enveloppé /audit balaie les onze dimensions ci-dessous en une seule passe parallèle — l'analogue, pour la forteresse d'audit, de /plan et /research — et synthétise un unique rapport de constats dédupliqué et trié par sévérité (rapport uniquement ; la remédiation est confiée à /elevate). Chaque dimension est aussi invocable individuellement.
L'orchestrateur de flux de travail enveloppé /fortress ferme la boucle dont /audit rend compte : il détecte via /audit, vérifie chaque constat, remédie à chaque constat retenu sur la surface dont il relève, réaudite dans une boucle bornée et soumet le résultat au portail /release-readiness — l'analogue, pour le durcissement de production, de /plan et /research.
| Commande | Domaine de qualité |
|---|---|
| /code-review | Qualité du code |
| /code-audit | Corpus de code |
| /security-audit | OWASP / ASVS |
| /perf-audit | Performance |
| /architecture-review | Architecture |
| /ux-review | Expérience développeur |
| /a11y-audit | Accessibilité |
| /docs-review | Documentation |
| /dependency-audit | Dépendances |
| /supply-chain-audit | Chaîne d'approvisionnement |
| /threat-model-audit | Modèle de menaces |
Toutes les commandes
Chaque commande livrée, générée à partir de sa définition sous
src/apothem/commands/. Les commandes sans page rédigée à la main reçoivent une
page générée à partir de la même définition.
| Command | Summary |
|---|---|
| /plan | Runs the planning pipeline (spec, generate, review, design) with independent verification, confirming at each hand-off; execute stays a manual step the … |
| /plan-spec | Turns free-form prose, notes or rough requirements into a spec-grade _spec/spec.md that keeps the author's wording and settles open questions by inquiry. |
| /plan-generate | Generates a full plan suite (master plan, progress log, decision notes, per-phase files) from a written spec or raw prose. |
| /plan-review | Reads an existing plan suite line by line for fidelity, consistency, completeness and risk, then applies only the revisions the user approves. |
| /plan-design | Writes the architectural design for a reviewed plan suite at _inputs/design.md: components, interfaces, decisions and diagrams. |
| /plan-execute | Use to implement one phase of a reviewed plan suite: reads the phase file and progress notes, verifies prerequisites and review scorecards, implements each … |
| /plan-amend | Changes an existing plan suite without losing resolved decisions, re-deriving only the affected spec, phases and notes. |
| /plan-audit | Audits a plan suite across spec, generate and review, then fixes findings in a loop without per-revision approval until none remain or the cap is hit. |
| /plan-status | Reports plan-suite progress from its tracking files across tasks, phases and artifacts, read-only. |
| /research | Runs the research pipeline from idea to peer-reviewed paper, verifying each stage hand-off and halting before data collection or publication. |
| /research-ideate | Finds a research question from zero by scanning opportunities, gaps, and invalidated hypotheses, then ranking candidates. |
| /research-spec | Frames a research question or notes into a testable spec: falsifiable hypotheses, inclusion and exclusion scope, success metrics. |
| /research-theory | Builds the conceptual framework for a framed research question: theory of change, constructs with operational definitions and a conceptual-model diagram. |
| /research-sources | Collects and screens the literature for a ratified research spec: deduplication, ranking and extraction with provenance. |
| /research-synthesis | Reconciles collected sources into a state-of-the-art map, a literature matrix and a research-gap statement. |
| /research-proposal | Turns a research gap and theoretical framework into a fundable proposal: SMART aims, feasibility, risk register with contingencies, impact pathway, data … |
| /research-design | Turns a synthesized research gap into testable predictions, a study design and a frozen preregistration. |
| /research-experiment | Runs the preregistered study protocol and records raw data with provenance: experiment log, data, and reproducibility manifest (environment, seed, version … |
| /research-analysis | Runs the preregistered statistical analysis on collected data: effect sizes with confidence intervals, multiple-comparison correction, robustness checks, … |
| /research-paper | Assembles a paper draft from the synthesis, study design, and analysis, with every citation checked to resolve. |
| /research-review | Hostile peer review of a paper, from a research suite or a supplied PDF or text: scores novelty, rigor, reproducibility, ethics; ranks revisions. |
| /research-publish | Builds the venue submission package for a reviewed paper: template formatting, cover letter, data and code availability statement, ethics and conflict … |
| /research-disseminate | Plans post-acceptance dissemination and impact: preprint announcement, FAIR data and code archive, altmetrics tracking, rebuttal loop. |
| /audit | Sweeps a repository across all eleven review dimensions in one multi-agent run and returns one verified, severity-ranked report; it never fixes anything. |
| /a11y-audit | Audits rendered pages of a web surface against WCAG 2.2 AA and reports severity-ranked findings per page, without fixing anything. |
| /architecture-review | Reviews a repository against its design document and layer rules, reporting boundary violations, coupling and wiring gaps as ranked findings. |
| /code-audit | Cross-file forensic audit: hidden coupling, type-hint gaps, coverage holes, dead and duplicate code. |
| /code-review | Reviews source files one at a time for readability, naming, complexity, idiom fit and comment quality, and reports severity-ranked findings without editing. |
| /dependency-audit | Audits direct and transitive dependencies for known vulnerabilities, license conflicts, deprecation and loose pins, ranking findings per dependency. |
| /docs-review | Reviews documentation pages for prose clarity, broken links, code-block tags, citations and public-API coverage, reporting severity-ranked findings per page. |
| /perf-audit | Audits an Apothem installation's per-class budgets (hooks, ecosystem verification, conformity gate, tests, agents, shell, lint) with its benchmark drivers, … |
| /security-audit | Audits a repository's security posture: secrets, injection, unsafe deserialization, path traversal, vulnerable dependencies. |
| /supply-chain-audit | Audits a repository's release pipeline: build provenance, artifact signing, SBOM completeness, pinned CI actions and minimum permissions. |
| /threat-model-audit | Threat-models a repository with STRIDE per element and trust boundaries, classifying actors and rating residual risk. |
| /ux-review | Reviews a repository's developer experience from a first-time user's view: CLI ergonomics, error messages, install flow and docs discoverability. |
| /fortress | Hardens a repository end to end: runs the audit sweep, verifies each finding, remediates survivors through the surgical-guard, secret-rotation and vuln-triage … |
| /elevate | Whole-repository elevation: runs the audit sweep, then critiques naming, structure, storytelling and extensibility, remediates what it finds (deletions are … |
| /eval | Runs one evaluation campaign for a language model or prompt: scores each output over a dataset and reports metrics by category plus regressions against a … |
| /freshify | Use when a repository must be made fresh and release-clean: purges caches and stale artifacts, removes legacy narrative and back-references, normalizes file … |
| /github-deploy-fresh | Use when a GitHub repository needs one clean first release on origin/main: a single v0.1.0 release commit, green workflow cards, a first-version changelog, and … |
| /github-deploy-next | Use to run the next release cycle on a GitHub repository: merge ready pull requests, resolve the issues the release addresses, derive the SemVer bump from … |
| /projectify | Builds the Description, Instruction and knowledge files for a chat-app Project or custom assistant through guided questions, within the platform's context … |
| /release-readiness | Pre-release gate sweep: use before shipping a repository to check lint, format, types, tests, dependency and supply-chain risk, visibility surfaces, changelog … |
| /test-suite | Authors and runs behavior-first tests for a repository, triages failures and reports coverage gaps on critical paths. |
| /workflow | Use to run a non-trivial mission as an independent multi-agent workflow: parallel subagents under named return contracts, refute-by-default verification of … |