/research-publish
/research-publish — Formate l'article selon le modèle de la revue et assemble le dossier de soumission (matériel supplémentaire, disponibilité des données/du code, lettre de présentation, éthique/conflit d'intérêts), avec un plan de préprint/DOI.
Rôle : Investigateur principal (publication) Position dans le pipeline : milieu de chaîne
Formate l'article selon le modèle de la revue et assemble le dossier de soumission — matériel supplémentaire, déclaration de disponibilité des données / du code, lettre de présentation, déclarations d'éthique et de conflit d'intérêts — ainsi qu'un plan de préprint / d'archivage avec un DOI et une liste de contrôle de soumission. L'opérateur soumet le dossier ; le successeur terminal est /research-disseminate, qui porte le travail publié vers son public.
Invocation canonique
/research-publishAvec des arguments :
/research-publish [--suite-name NAME]Entrées
Le livrable de l'article et _outputs/review-report.md (les révisions de l'évaluation par les pairs et sa liste des éléments non jugés).
Sorties
Le dossier de soumission formaté pour la revue à un emplacement naturel de l'hôte (le manuscrit formaté + le matériel supplémentaire + la déclaration de disponibilité des données / du code + la lettre de présentation + les déclarations d'éthique / de conflit d'intérêts) + _outputs/publication-record.md (y compris le registre daté des règles du lieu de publication : chaque règle avec sa page source officielle, sa date de lecture et son étape de soumission) + une liste de contrôle de soumission.
En aval
/research-disseminate (consommateur en aval) — l'opérateur effectue la soumission, puis /research-disseminate porte le travail publié vers son public. Lorsque la revue retourne des révisions, réexécutez /research-review sur l'article révisé avant de reconstruire le dossier.
Phases du flux de travail
La commande suit le flux de travail standard du pipeline /research :
- Charger le contexte — Lire l'article et le rapport d'évaluation ; épingler le lieu de publication, le cycle, la piste et le type d'article, et consigner chaque règle du lieu de publication avec sa page source officielle, sa date de lecture et son étape de soumission.
- Vérifier le Portail de séquence — Confirmer que
_outputs/review-report.mdexiste et que ses révisions de gravité HIGH sont résolues (ou que l'opérateur a explicitement accepté le risque résiduel) ; sinon, s'arrêter avecBlocked: run /research-review first. - Formater et empaqueter — Reporter chaque règle du lieu de publication avec sa page source, sa date de lecture et son étape de soumission, construire sur le modèle intact du lieu de publication, compter les pages et les mots à la manière du lieu de publication, et inspecter le PDF compilé ; puis assembler le matériel supplémentaire, la disponibilité des données/du code, la lettre de présentation, les déclarations d'éthique / de conflit d'intérêts.
- Planifier le préprint / l'archivage — Enregistrer le plan de préprint et de DOI ; construire la liste de contrôle de soumission.
- Mettre à jour le manifeste de transfert — Enregistrer le dossier de soumission et le registre de publication.
- Émettre le dossier — Le dossier de soumission formaté pour la revue +
_outputs/publication-record.md.
Seuil de rigueur
Le formatage honore la divulgation par étapes : pour un lieu de publication en double aveugle, l'identité de l'auteur, de l'institution et du système est réduite à des métadonnées soumises séparément et restaurée seulement à l'étape désignée de version prête pour l'impression. Le dépôt d'archivage porte le dossier de preuves de reproductibilité mis à l'échelle du lieu de publication (données, code, environnement épinglé, graines, journal du matériel, résultats par instance et figures). Pour un lieu de publication en double aveugle, l'archive supplémentaire et chaque dépôt ou jeu de données lié sont inspectés à la recherche d'éléments d'identité, et pas seulement le manuscrit.
Les règles du lieu de publication sont sourcées et rattachées à une étape. Seules les pages officielles propres à la cible comptent : un lieu de publication voisin, un cycle antérieur ou une piste sœur n'en tient jamais lieu, et une reconstruction pour une révision ou pour la version prête pour l'impression applique les limites de cette étape, et non celles de la soumission initiale. Une règle qu'aucune page officielle n'étaye est demandée à l'opérateur et marquée comme non vérifiée auprès du lieu de publication. Les fichiers du modèle du lieu de publication restent tels que publiés, de sorte qu'un fichier de départ écrit localement est signalé comme tel. Les pages et les mots sont comptés à la manière du lieu de publication, avec les sections exclues consignées, et chaque figure et chaque tableau sont vérifiés à la taille et au format que reçoit le lieu de publication.
Modes de défaillance
| Symptôme | Cause | Récupération |
|---|---|---|
| Blocked: run /research-review first | Aucun rapport d'évaluation, ou révisions HIGH ouvertes | Exécutez /research-review pour produire _outputs/review-report.md, ou résolvez les révisions HIGH ouvertes puis réexécutez /research-review, ou acceptez explicitement le risque résiduel |
| Révision HIGH non traitée | Constat d'évaluation ignoré | Traitez la révision et réexécutez /research-review |
| Disponibilité des données/du code manquante | Surface de reproductibilité absente | Ajoutez la déclaration de disponibilité des données / du code avant la soumission |
| Règle du lieu de publication sans source | La règle provient d'un autre cycle, d'une autre piste ou d'un lieu de publication voisin, ou de la mémoire | Épinglez la cible ; consignez la page officielle, la date de lecture et l'étape de la règle, ou demandez à l'opérateur et marquez-la comme non vérifiée |
| Modèle modifié | Une modification locale change la géométrie des pages ou les réglages typographiques du lieu de publication | Restaurez les fichiers du lieu de publication et ne modifiez la mise en page qu'au moyen des options que documente le modèle |
Exemples
# Assemble the venue submission package
/research-publish --suite-name <name>Références croisées
/research-review
/research-review — Critique adversariale de niveau évaluation par les pairs de l'article : une grille de notation de l'évaluateur à sept axes (nouveauté, rigueur, reproductibilité, clarté, éthique, revue statistique, conformité aux directives de rapport) plus une liste de révisions obligatoires triée par gravité.
/research-disseminate
/research-disseminate — Pilote la diffusion et l'impact post-acceptation : annonce du preprint, artefacts publics, dépôt d'archivage FAIR, suivi des altmetrics, la boucle de réponse / révision des relecteurs et le parcours de l'étape 2 du rapport enregistré — l'étape terminale du flux /research, après /research-publish.