MCP 服务器

Model Context Protocol（MCP）服务器归操作者所有。Apothem 在共享配置档案中携带 MCP 清单（mcp_servers）。如果某个适配器所对应的工具将其 MCP 服务器保存在 Apothem 本已写入的配置文件中，该适配器就会将该清单投射到该文件中；其他每个适配器都不编写任何服务器条目，这些服务器仍由你通过工具自行注册。

哪些适配器会投射该清单Copy Anchor Link

下表根据工具注册表中每个适配器的 mcp_servers 能力单元格生成。

MCP 服务器在何处注册Copy Anchor Link

每个工具都通过其自身的原生机制注册 MCP 服务器，Apothem 遵从该表面而不是覆盖它。在 Claude Code 上，服务器通过 claude mcp add 注册到 ~/.claude.json（用户或本地作用域）以及项目级的 .mcp.json 中；Claude Code 适配器不会写入这两个文件中的任何一个，并且 Apothem 受管的 Claude Code 设置绝不携带 mcpServers 区块。

让辅助器访问 MCP 服务器Copy Anchor Link

只读研究智能体（research-scout、citation-auditor）随附一个显式的 tools 列表：Read, Glob, Grep, WebSearch, WebFetch。只有当某个条目以 mcp__<server>__* 的形式指明服务器时，Claude Code 才会将 MCP 工具纳入子智能体的显式列表。配置档案的 agent_mcp_servers 键按智能体指明这些服务器：

agent_mcp_servers:
  research-scout:
    - "your-scholarly-server"
  citation-auditor:
    - "your-scholarly-server"

Claude Code 安装会为每个指明的服务器向每个所列智能体的 tools 行添加一个 mcp__<server>__* 条目，且不改动任何其他智能体或行。没有该键时，每个智能体都保留普通列表，因此没有智能体能访问 MCP 工具。请按 /mcp 显示的样子书写每个服务器名称。Claude Code 在工具名称中将 : 和 . 写作 _，因此安装会把服务器 plugin:bio-research:biorxiv 渲染为 mcp__plugin_bio-research_biorxiv__*。名称可包含字母、数字、-、_、: 和 .，必须以字母或数字开头和结尾，并且绝不能连续出现 _、: 和 . 中的任意两个（否则渲染出的条目会包含 __）；*、空白以及其他所有字符都会被拒绝。授权会指明该服务器的每一个工具，包括任何会写入的工具，因此只应授权你信任其用于查询的服务器；智能体的指令将它们限制为查询，但工具只强制执行你列出的名称。针对不存在的智能体、或没有显式 tools 列表的智能体的授权，会被报告并跳过。harnesses.claude-code 下的逐工具覆盖会追加到共享列表上。

该授权适用于 Claude Code 和 Gemini CLI 上的引擎安装（apothem install）。在 Gemini CLI 上，安装会为每个指明的服务器向所列智能体的 tools 允许列表添加一个 mcp_<server>_* 条目，例如 mcp_your-scholarly-server_*，且不改动任何其他智能体或行。Gemini CLI 将每个 MCP 工具命名为 mcp_{serverName}_{toolName}，并从 mcp_ 之后直到第一个下划线的文本中读取服务器，因此含有下划线的服务器名称在那里无法被指向。Apothem 只为由字母、数字和 - 组成的名称写入 Gemini CLI 授权：含有下划线、冒号或句点的名称对 Claude Code 有效，但对 Gemini CLI 会被跳过并报告，绝不会被改写为另一个名称。已经能访问每个 MCP 服务器的智能体（没有 tools 列表，或列表中含有 mcp_*）保持不变并被报告。Gemini CLI 没有拒绝列表，因此智能体自身的 disallowedTools 所指明的服务器不会获得条目并会被报告：拒绝优先，与在 Claude Code 上一样。Gemini 授权读取共享的 agent_mcp_servers 列表和 harnesses.gemini-cli 覆盖，而不读取 harnesses.claude-code 覆盖。其他工具会忽略该键：Qwen Code 没有为 tools 文档化逐服务器条目；OpenCode 通过权限控制工具；Codex 和 Antigravity 不输出工具列表。

Claude Code 插件是在没有配置档案的情况下组装的，因此它的两个智能体保留普通列表。要在不编辑插件文件的情况下为它们提供连接器访问权限，请在 ~/.claude/agents/ 中以你自选的名称定义一个你自己的用户级智能体，让它携带同样的只读 tools 列表，外加你想要的 mcp__<server>__* 条目。

添加服务器Copy Anchor Link

通过你的工具的原生机制注册服务器；规范的条目形态是 mcpServers 下的一个键：

{
  "mcpServers": {
    "filesystem": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "@modelcontextprotocol/server-filesystem", "/some/path"]
    }
  }
}

工具的运行时会在会话开始时加载已注册的服务器；重启工具即可载入新的服务器。

命名约定Copy Anchor Link

按照工具的标准 MCP 工具命名约定，MCP 工具以 mcp__<server>__<tool> 的形式呈现给助手。