/research-publish
/research-publish——将论文格式化为期刊模板并组装投稿包（补充材料、数据／代码可用性、投稿信、伦理／利益冲突声明），并附带预印本／DOI 计划。
角色： 首席研究者（发表） 流水线位置： 链路中段
将论文格式化为期刊模板并组装投稿包——补充材料、数据／代码可用性声明、投稿信、伦理与利益冲突声明——外加带 DOI 的预印本／归档计划和一份投稿清单。由操作者投递投稿包；终端后继是 /research-disseminate，它将已发表的工作传递给其受众。
规范调用
/research-publish带参数：
/research-publish [--suite-name NAME]输入
论文交付物和 _outputs/review-report.md（同行评审修订及其未判断清单）。
输出
宿主自然位置的期刊格式化投稿包（格式化的稿件＋补充材料＋数据／代码可用性声明＋投稿信＋伦理／利益冲突声明）＋ _outputs/publication-record.md（包括注明日期的发表场所规则登记册：每条规则连同其官方来源页面、阅读日期和投稿阶段）＋一份投稿清单。
下游
/research-disseminate（下游消费者）——由操作者执行投稿，随后 /research-disseminate 将已发表的工作传递给其受众。当期刊返回修订意见时，先对修订后的论文重新运行 /research-review，再重建投稿包。
工作流阶段
该命令遵循标准的 /research 流水线工作流：
- 加载上下文——读取论文与评审报告；固定发表场所、周期、投稿轨道和文章类型，并记录每条发表场所规则及其官方来源页面、阅读日期和投稿阶段。
- 验证序列闸门——确认
_outputs/review-report.md存在，且其 HIGH 级修订已解决（或操作者已明确接受剩余风险）；否则以Blocked: run /research-review first停止。 - 格式化与打包——沿用每条发表场所规则及其来源页面、阅读日期和投稿阶段，在发表场所未经改动的模板上构建，按发表场所的方式统计页数和字数，并检查编译后的 PDF；然后组装补充材料、数据与代码可用性说明、投稿信、伦理与利益冲突声明。
- 规划预印本／归档——记录预印本与 DOI 计划；构建投稿清单。
- 更新交接清单——记录投稿包与发表记录。
- 发出投稿包——按目标刊物格式整理的投稿包，以及
_outputs/publication-record.md。
严谨性强制底线
格式化尊重分阶段披露：对于双盲发表场所，作者、机构和系统身份被剥离至单独提交的元数据，仅在指定的清样阶段才恢复。归档存放携带随发表场所伸缩的可复现性证据包（数据、代码、固定的环境、随机种子、硬件日志、逐实例结果和图表）。对于双盲发表场所，补充材料归档以及每个链接的存储库或数据集都会接受身份检查，而不仅仅是稿件。
发表场所规则须有来源且分阶段。只有目标自身的官方页面才算数：相邻的发表场所、更早的周期或同级投稿轨道绝不能充当替代，且为修订或清样而进行的重建执行的是该阶段的限制，而非初次投稿的限制。没有官方页面支撑的规则会询问操作者，并标记为未经发表场所核实。发表场所的模板文件保持原样发布，因此本地编写的起始文件会如实报告。页数和字数按发表场所的方式统计，并记录被排除的部分；每张图和表都按发表场所接收的尺寸和格式进行检查。
失败模式
| 症状 | 原因 | 恢复 |
|---|---|---|
| Blocked: run /research-review first | 没有评审报告，或存在未解决的 HIGH 级修订 | 运行 /research-review 以生成 _outputs/review-report.md，或解决未决的 HIGH 级修订并重新运行 /research-review，或明确接受剩余风险 |
| 未处理的 HIGH 级修订 | 跳过了评审发现 | 处理该修订并重新运行 /research-review |
| 缺少数据／代码可用性 | 缺失可复现性界面 | 在投稿前补充数据／代码可用性声明 |
| 发表场所规则没有来源 | 该规则来自另一周期、投稿轨道或相邻的发表场所，或来自记忆 | 固定目标；为该规则记录官方页面、阅读日期和阶段，或询问操作者并将其标记为未经核实 |
| 模板被改动 | 本地编辑改变了发表场所的页面几何或排版设置 | 恢复发表场所的文件，且只通过模板文档中说明的选项更改版式 |
示例
# 组装期刊投稿包
/research-publish --suite-name <name>