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Apothem
Comandos de la canalización

/research-publish

/research-publish — Formatea el artículo según la plantilla del lugar de publicación y ensambla el paquete de envío (suplementario, disponibilidad de datos/código, carta de presentación, ética/conflicto de interés), con un plan de preprint/DOI.

Rol: Investigador principal (publicación) Posición en la canalización: mitad de la cadena

Formatea el artículo según la plantilla del lugar de publicación y ensambla el paquete de envío — materiales suplementarios, declaración de disponibilidad de datos / código, carta de presentación, declaraciones de ética y de conflicto de interés — más un plan de preprint / archivado con un DOI y una lista de comprobación de envío. El operador envía el paquete; el sucesor terminal es /research-disseminate, que lleva el trabajo publicado a su audiencia.

Invocación canónica

/research-publish

Con argumentos:

/research-publish [--suite-name NAME]

Entradas

El entregable del artículo y _outputs/review-report.md (las revisiones de la revisión por pares y su lista de no juzgados).

Salidas

El paquete de envío con formato del lugar de publicación en una ubicación natural del host (el manuscrito formateado + materiales suplementarios + declaración de disponibilidad de datos / código + carta de presentación + declaraciones de ética / conflicto de interés) + _outputs/publication-record.md (que incluye el registro fechado de reglas del lugar de publicación: cada regla con su página de fuente oficial, su fecha de lectura y su etapa de envío) + una lista de comprobación de envío.

Aguas abajo

/research-disseminate (consumidor aguas abajo) — el operador realiza el envío, luego /research-disseminate lleva el trabajo publicado a su audiencia. Cuando el lugar de publicación devuelve revisiones, vuelve a ejecutar /research-review contra el artículo revisado antes de reconstruir el paquete.

Fases del flujo de trabajo

El comando sigue el flujo de trabajo estándar de la canalización /research:

  1. Cargar contexto — Leer el artículo y el informe de revisión; fijar el lugar de publicación, el ciclo, la sección y el tipo de artículo, y registrar cada regla del lugar de publicación con su página de fuente oficial, su fecha de lectura y su etapa de envío.
  2. Verificar la Puerta de secuencia — Confirmar que _outputs/review-report.md existe y que sus revisiones de severidad HIGH están resueltas (o que el operador ha aceptado explícitamente el riesgo residual); de lo contrario, detenerse con Blocked: run /research-review first.
  3. Formatear y empaquetar — Llevar cada regla del lugar de publicación con su página de fuente, su fecha de lectura y su etapa de envío, construir sobre la plantilla intacta del lugar de publicación, contar páginas y palabras a la manera del lugar de publicación e inspeccionar el PDF compilado; después, ensamblar material suplementario, disponibilidad de datos/código, carta de presentación y declaraciones de ética / conflicto de interés.
  4. Planificar el preprint / archivado — Registrar el plan de preprint y DOI; construir la lista de comprobación de envío.
  5. Actualizar el manifiesto de traspaso — Registrar el paquete de envío y el registro de publicación.
  6. Emitir el paquete — El paquete de envío con el formato del lugar de publicación + _outputs/publication-record.md.

Umbral de rigor

El formateo respeta la divulgación por etapas: para un lugar de publicación de doble ciego, la identidad del autor, la institución y el sistema se retiran a metadatos enviados por separado y se restauran solo en la etapa designada de versión final para impresión. El depósito de archivo lleva el paquete de evidencia de reproducibilidad escalado al lugar de publicación (datos, código, entorno fijado, semillas, registro de hardware, resultados por instancia y figuras). Para un lugar de publicación de doble ciego, se inspeccionan en busca de la identidad el archivo suplementario y cada repositorio o conjunto de datos enlazado, no solo el manuscrito.

Las reglas del lugar de publicación tienen fuente y etapa. Solo cuentan las páginas oficiales del propio objetivo: un lugar de publicación vecino, un ciclo anterior o una sección hermana nunca lo sustituyen, y una reconstrucción para una revisión o para la versión final aplica los límites de esa etapa, no los del envío inicial. Una regla sin página oficial que la respalde se pregunta al operador y se marca como no verificada frente al lugar de publicación. Los archivos de plantilla del lugar de publicación se mantienen tal como se publicaron, de modo que un archivo inicial escrito localmente se informa como tal. Las páginas y las palabras se cuentan a la manera del lugar de publicación, registrando las secciones excluidas, y cada figura y tabla se comprueba al tamaño y en el formato que recibe el lugar de publicación.

Modos de fallo

SíntomaCausaRecuperación
Blocked: run /research-review firstNo hay informe de revisión, o hay revisiones HIGH abiertasEjecuta /research-review para producir _outputs/review-report.md, o resuelve las revisiones HIGH abiertas y vuelve a ejecutar /research-review, o acepta explícitamente el riesgo residual
Revisión HIGH sin atenderHallazgo de revisión omitidoAtiende la revisión y vuelve a ejecutar /research-review
Falta disponibilidad de datos/códigoSuperficie de reproducibilidad ausenteAñade la declaración de disponibilidad de datos / código antes del envío
Regla del lugar de publicación sin fuenteLa regla procede de otro ciclo, otra sección o un lugar de publicación vecino, o de la memoriaFija el objetivo; registra la página oficial, la fecha de lectura y la etapa de la regla, o pregunta al operador y márcala como no verificada
Plantilla alteradaUna edición local cambia la geometría de página o la configuración tipográfica del lugar de publicaciónRestaura los archivos del lugar de publicación y cambia la maquetación solo mediante las opciones que documenta la plantilla

Ejemplos

# Ensamblar el paquete de envío del lugar de publicación
/research-publish --suite-name <name>

Referencias cruzadas

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