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Apothem
Comandos del pipeline

/research-publish

/research-publish — Formatea el artículo según la plantilla del lugar de publicación y ensambla el paquete de envío (suplementario, disponibilidad de datos/código, carta de presentación, ética/conflicto de interés), con un plan de preprint/DOI.

Rol: Investigador principal (publicación) Posición en la canalización: mitad de la cadena

Formatea el artículo según la plantilla del lugar de publicación y ensambla el paquete de envío — materiales suplementarios, declaración de disponibilidad de datos / código, carta de presentación, declaraciones de ética y de conflicto de interés — más un plan de preprint / archivado con un DOI y una lista de comprobación de envío. El operador envía el paquete; el sucesor terminal es /research-disseminate, que lleva el trabajo publicado a su audiencia.

Invocación canónica

/research-publish

Con argumentos:

/research-publish [path/to/research-suite/]

Entradas

El entregable del artículo y _outputs/review-report.md (las revisiones de la revisión por pares).

Salidas

El paquete de envío con formato del lugar de publicación en una ubicación natural del host (el manuscrito formateado + materiales suplementarios + declaración de disponibilidad de datos / código + carta de presentación + declaraciones de ética / conflicto de interés) + _outputs/publication-record.md + una lista de comprobación de envío.

Aguas abajo

/research-disseminate (consumidor aguas abajo) — el operador realiza el envío, luego /research-disseminate lleva el trabajo publicado a su audiencia. Cuando el lugar de publicación devuelve revisiones, vuelve a ejecutar /research-review contra el artículo revisado antes de reconstruir el paquete.

Fases del flujo de trabajo

El comando sigue el flujo de trabajo estándar de la canalización /research:

  1. Cargar contexto — Leer el artículo y el informe de revisión.
  2. Verificar la Puerta de secuencia — Confirmar que _outputs/review-report.md existe; de lo contrario, detenerse con Blocked: run /research-review first.
  3. Formatear y empaquetar — Aplicar la plantilla del lugar de publicación; ensamblar suplementario, disponibilidad de datos/código, carta de presentación, declaraciones de ética / conflicto de interés.
  4. Planificar el preprint / archivado — Registrar el plan de preprint y DOI; construir la lista de comprobación de envío.
  5. Actualizar el manifiesto de traspaso — Registrar el paquete de envío y el registro de publicación.
  6. Emitir el paquete — El paquete de envío con formato del lugar de publicación + _outputs/publication-record.md.

Umbral de rigor

El formateo respeta la divulgación por etapas: para un lugar de publicación de doble ciego, la identidad del autor, la institución y el sistema se retiran a metadatos enviados por separado y se restauran solo en la etapa designada de versión final para impresión. El depósito de archivo lleva el paquete de evidencia de reproducibilidad escalado al lugar de publicación (datos, código, entorno fijado, semillas, registro de hardware, resultados por instancia y figuras).

Modos de fallo

SíntomaCausaRecuperación
Blocked: run /research-review firstSin informe de revisiónEjecuta /research-review para producir _outputs/review-report.md
Revisión HIGH sin atenderHallazgo de revisión omitidoAtiende la revisión y vuelve a ejecutar /research-review
Falta disponibilidad de datos/códigoSuperficie de reproducibilidad ausenteAñade la declaración de disponibilidad de datos / código antes del envío

Ejemplos

# Ensamblar el paquete de envío del lugar de publicación
/research-publish path/to/research-suite/

Referencias cruzadas

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