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Apothem
Comandos de la canalización

Comandos de la canalización

Referencia de los comandos de la canalización de Apothem — el flujo /plan y el catálogo de comandos de auditoría.

Apothem distribuye una canalización /plan consciente de la arquitectura, una canalización /research de trece etapas y una secuencia de auditoría de once comandos, que dan a cada proyecto una ruta estructurada desde la prosa en bruto hasta un código de nivel de producción revisado en múltiples ejes, y desde una idea en bruto hasta un artículo difundido y revisado por pares.

Visión general de la canalización

flowchart LR
    accTitle: Plan pipeline command flow
    accDescr: Left-to-right flowchart of the apothem plan pipeline from the spec stage through the generate and review stages, then through a conditional architecture-bearing decision that either runs the design stage or skips directly to the execute stage. The orthogonal audit stage wraps the spec-through-review span as a closed remediation loop, and the re-entrant amend stage revises an existing suite and returns it to review.
    A[/plan-spec] --> B[/plan-generate]
    B --> C[/plan-review]
    AUD[/plan-audit<br/>orthogonal: wraps spec → review] -.->|closed-loop remediation| A
    AM[/plan-amend<br/>re-entrant: revises an existing suite] -.->|re-review| C
    C --> Q{Architecture-bearing suite?}
    Q -->|yes| F[/plan-design<br/>emit _inputs/design.md]
    Q -->|no| D[/plan-execute]
    F --> D
    D --> E[/plan-status]
    D --> G[Audit review sequence]
    G --> H[Completion milestone]

Las etapas de planificación

La canalización se distribuye como ocho comandos de barra de primera clase, uno por etapa, cada uno invocable de forma independiente como /plan-<stage>. El orquestador /plan las conduce desde una misión hasta una suite ejecutada.

EtapaFunciónPosición
/plan-specForja — de la prosa a la especificaciónInicio
/plan-generateGenerador — de la especificación a la suite de planIntermedia
/plan-reviewAuditor — auditoría forense del planIntermedia
/plan-designArquitecto — _inputs/design.md para las suites que afectan a la arquitecturaPuerta condicional
/plan-executeEjecutor — ejecución de fasesFinal
/plan-statusInformador — estado de solo lecturaSolo lectura
/plan-auditGuardián — envoltura de ciclo cerrado de spec → generate → reviewOrtogonal (antes de execute)
/plan-amendAdministrador — enmienda reentrante de una suite existenteReentrante

/plan-audit es ortogonal al flujo lineal, no una etapa dentro de él. Envuelve /plan-spec → /plan-generate → /plan-review como un único ciclo cerrado, ejecuta solo las etapas previas que faltan, remedia activamente los hallazgos y deja la suite lista para /plan-execute. Es distinto de la secuencia de revisión de auditoría que se describe más abajo, que audita una base de código ejecutada en lugar de una suite de plan.

/plan-design no es una ceremonia universal. /plan-review clasifica si la suite cambia superficies que afectan a la arquitectura. En caso afirmativo, /plan-design emite la traza de diseño que consumen /plan-execute y /architecture-review. En caso negativo, la suite revisada pasa directamente a la ejecución.

La canalización de investigación

La canalización de investigación se distribuye como trece comandos de barra de primera clase, uno por etapa, cada uno invocable de forma independiente como /research-<stage>, encadenados por una Puerta de secuencia y un Manifiesto de traspaso, bajo diez mandatos de rigor (fuentes autorizadas, reproducibilidad, falsabilidad, integridad de las citas, prerregistro, ética / conflictos, rigor estadístico, ciencia abierta / FAIR, conformidad con las guías de publicación de resultados, fundamentación teórica / impacto).

flowchart LR
    accTitle: Research pipeline command flow
    accDescr: Left-to-right flowchart of the apothem research pipeline from the ideate stage through spec, theory, sources, synthesis, proposal, study design, experiment, analysis, paper, and peer review to publish and disseminate, with a revision loop from review back to paper.
    RI[/research-ideate] --> RS[/research-spec]
    RS --> RT[/research-theory]
    RT --> RSO[/research-sources]
    RSO --> RSY[/research-synthesis]
    RSY --> RPR[/research-proposal]
    RPR --> RD[/research-design]
    RD --> RE[/research-experiment]
    RE --> RA[/research-analysis]
    RA --> RP[/research-paper]
    RP --> RR[/research-review]
    RR --> RPU[/research-publish]
    RPU --> RDI[/research-disseminate]
    RR -.->|revision loop| RP
EtapaFunciónPosición
/research-ideateFormular el problema — preguntas candidatas a partir de una semilla de dominioInicio
/research-specEnmarcar la pregunta — hipótesis falsables + alcanceIntermedia
/research-theoryMarco conceptual + teoría del cambioIntermedia
/research-sourcesRecopilación sistemática de fuentes con un registro de búsqueda reejecutableIntermedia
/research-synthesisMapa del estado del arte (SOTA) + análisis de lagunasIntermedia
/research-proposalObjetivos + viabilidad + contingencias + impacto + plan de datos + plan de prerregistro; matriz de la convocatoria de financiación o respuesta de reenvíoIntermedia
/research-designDiseño del estudio + prerregistroIntermedia
/research-experimentEjecutar + registrar, de forma reproducibleIntermedia
/research-analysisResultados + estadísticaIntermedia
/research-paperBorrador de artículo de primer nivelIntermedia
/research-reviewCrítica con el nivel de una revisión por paresIntermedia
/research-publishPaquete para el medio de publicación + envíoIntermedia
/research-disseminateDifusión + impacto + archivo FAIRFinal

El orquestador de flujo de trabajo envuelto /research conduce estas etapas desde la pregunta en bruto hasta el artículo publicado (él mismo no es una etapa), y comprueba de forma independiente la salida de cada etapa antes de que la siguiente se construya sobre ella; --quick ejecuta solo /research-sources + /research-synthesis para obtener un informe con citas en una sola pasada.

Las etapas empíricas (fuentes, diseño, experimento, análisis) y las etapas de redacción (artículo, revisión, publicación, difusión) se apoyan además en superficies que llevan el rigor a la práctica — comparación justa entre varios métodos, procedencia de los comparadores, un andamiaje de programa de experimentos, un plan de uso de cómputo, un bucle de experimentación autónomo opcional, una puerta de avance basada en la definición de terminado, enmascaramiento con divulgación por etapas, un registro de búsqueda, la asignación del estudio y la planificación de la potencia, la disciplina de análisis, las contingencias del plan, la integridad de las figuras y la planificación de charlas y pósteres — que agregan detalle operativo a los diez mandatos sin ampliarlos.

Secuencia de revisión de auditoría

El orquestador de flujo de trabajo envuelto /audit recorre las once dimensiones siguientes en una única pasada paralela — el equivalente de /plan y /research para la secuencia de auditoría — y sintetiza un único informe de hallazgos, deduplicado y clasificado por severidad (solo informa; la remediación se deriva a /elevate). Cada dimensión también se puede invocar por separado.

El orquestador de flujo de trabajo envuelto /fortress cierra el ciclo que informa /audit: detecta mediante /audit, verifica cada hallazgo, remedia cada hallazgo que sobrevive en la superficie a la que pertenece, vuelve a auditar en un ciclo acotado y somete el resultado a la puerta /release-readiness — el equivalente de /plan y /research para el endurecimiento de producción.

ComandoÁrea de calidad
/code-reviewCalidad del código
/code-auditCorpus de código
/security-auditOWASP / ASVS
/perf-auditRendimiento
/architecture-reviewArquitectura
/ux-reviewExperiencia de desarrollo
/a11y-auditAccesibilidad
/docs-reviewDocumentación
/dependency-auditDependencias
/supply-chain-auditCadena de suministro
/threat-model-auditModelo de amenazas

Todos los comandos

Cada comando distribuido, generado a partir de su definición bajo src/apothem/commands/. Los comandos sin una página escrita a mano reciben una página generada a partir de la misma definición.

CommandSummary
/planRuns the planning pipeline (spec, generate, review, design) with independent verification, confirming at each hand-off; execute stays a manual step the …
/plan-specTurns free-form prose, notes or rough requirements into a spec-grade _spec/spec.md that keeps the author's wording and settles open questions by inquiry.
/plan-generateGenerates a full plan suite (master plan, progress log, decision notes, per-phase files) from a written spec or raw prose.
/plan-reviewReads an existing plan suite line by line for fidelity, consistency, completeness and risk, then applies only the revisions the user approves.
/plan-designWrites the architectural design for a reviewed plan suite at _inputs/design.md: components, interfaces, decisions and diagrams.
/plan-executeUse to implement one phase of a reviewed plan suite: reads the phase file and progress notes, verifies prerequisites and review scorecards, implements each …
/plan-amendChanges an existing plan suite without losing resolved decisions, re-deriving only the affected spec, phases and notes.
/plan-auditAudits a plan suite across spec, generate and review, then fixes findings in a loop without per-revision approval until none remain or the cap is hit.
/plan-statusReports plan-suite progress from its tracking files across tasks, phases and artifacts, read-only.
/researchRuns the research pipeline from idea to peer-reviewed paper, verifying each stage hand-off and halting before data collection or publication.
/research-ideateFinds a research question from zero by scanning opportunities, gaps, and invalidated hypotheses, then ranking candidates.
/research-specFrames a research question or notes into a testable spec: falsifiable hypotheses, inclusion and exclusion scope, success metrics.
/research-theoryBuilds the conceptual framework for a framed research question: theory of change, constructs with operational definitions and a conceptual-model diagram.
/research-sourcesCollects and screens the literature for a ratified research spec: deduplication, ranking and extraction with provenance.
/research-synthesisReconciles collected sources into a state-of-the-art map, a literature matrix and a research-gap statement.
/research-proposalTurns a research gap and theoretical framework into a fundable proposal: SMART aims, feasibility, risk register with contingencies, impact pathway, data …
/research-designTurns a synthesized research gap into testable predictions, a study design and a frozen preregistration.
/research-experimentRuns the preregistered study protocol and records raw data with provenance: experiment log, data, and reproducibility manifest (environment, seed, version …
/research-analysisRuns the preregistered statistical analysis on collected data: effect sizes with confidence intervals, multiple-comparison correction, robustness checks, …
/research-paperAssembles a paper draft from the synthesis, study design, and analysis, with every citation checked to resolve.
/research-reviewHostile peer review of a paper, from a research suite or a supplied PDF or text: scores novelty, rigor, reproducibility, ethics; ranks revisions.
/research-publishBuilds the venue submission package for a reviewed paper: template formatting, cover letter, data and code availability statement, ethics and conflict …
/research-disseminatePlans post-acceptance dissemination and impact: preprint announcement, FAIR data and code archive, altmetrics tracking, rebuttal loop.
/auditSweeps a repository across all eleven review dimensions in one multi-agent run and returns one verified, severity-ranked report; it never fixes anything.
/a11y-auditAudits rendered pages of a web surface against WCAG 2.2 AA and reports severity-ranked findings per page, without fixing anything.
/architecture-reviewReviews a repository against its design document and layer rules, reporting boundary violations, coupling and wiring gaps as ranked findings.
/code-auditCross-file forensic audit: hidden coupling, type-hint gaps, coverage holes, dead and duplicate code.
/code-reviewReviews source files one at a time for readability, naming, complexity, idiom fit and comment quality, and reports severity-ranked findings without editing.
/dependency-auditAudits direct and transitive dependencies for known vulnerabilities, license conflicts, deprecation and loose pins, ranking findings per dependency.
/docs-reviewReviews documentation pages for prose clarity, broken links, code-block tags, citations and public-API coverage, reporting severity-ranked findings per page.
/perf-auditAudits an Apothem installation's per-class budgets (hooks, ecosystem verification, conformity gate, tests, agents, shell, lint) with its benchmark drivers, …
/security-auditAudits a repository's security posture: secrets, injection, unsafe deserialization, path traversal, vulnerable dependencies.
/supply-chain-auditAudits a repository's release pipeline: build provenance, artifact signing, SBOM completeness, pinned CI actions and minimum permissions.
/threat-model-auditThreat-models a repository with STRIDE per element and trust boundaries, classifying actors and rating residual risk.
/ux-reviewReviews a repository's developer experience from a first-time user's view: CLI ergonomics, error messages, install flow and docs discoverability.
/fortressHardens a repository end to end: runs the audit sweep, verifies each finding, remediates survivors through the surgical-guard, secret-rotation and vuln-triage …
/elevateWhole-repository elevation: runs the audit sweep, then critiques naming, structure, storytelling and extensibility, remediates what it finds (deletions are …
/evalRuns one evaluation campaign for a language model or prompt: scores each output over a dataset and reports metrics by category plus regressions against a …
/freshifyUse when a repository must be made fresh and release-clean: purges caches and stale artifacts, removes legacy narrative and back-references, normalizes file …
/github-deploy-freshUse when a GitHub repository needs one clean first release on origin/main: a single v0.1.0 release commit, green workflow cards, a first-version changelog, and …
/github-deploy-nextUse to run the next release cycle on a GitHub repository: merge ready pull requests, resolve the issues the release addresses, derive the SemVer bump from …
/projectifyBuilds the Description, Instruction and knowledge files for a chat-app Project or custom assistant through guided questions, within the platform's context …
/release-readinessPre-release gate sweep: use before shipping a repository to check lint, format, types, tests, dependency and supply-chain risk, visibility surfaces, changelog …
/test-suiteAuthors and runs behavior-first tests for a repository, triages failures and reports coverage gaps on critical paths.
/workflowUse to run a non-trivial mission as an independent multi-agent workflow: parallel subagents under named return contracts, refute-by-default verification of …

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