Раскладка исходного кода

Apothem принял src-layout от PyPA, размещая весь импортируемый Python под src/apothem/.

Почему src-layout

• Изоляция импорта. import apothem разрешается только когда src/ находится в пути (движок запускается как PYTHONPATH=src python -m apothem), что предотвращает случайные импорты рабочего дерева из несвязанного каталога.
• Самодостаточная среда выполнения. Apothem запускается прямо из склонированной копии, а его зависимости вендорятся под src/apothem/_vendor/ — шаг установки не требуется. src-layout держит эту импортируемую поверхность чисто отделённой от инструментария, тестов и скриптов репозитория.
• Чистый дистрибутив. Та же раскладка производит корректно оформленные sdist и wheel (и опциональную редактируемую установку pip install -e .), содержимое которых точно совпадает с тем, что поставляется, без просачивания посторонних модулей верхнего уровня.

Структура дерева

src/apothem/
    agents/         persistent agent definitions (*.md)
    audit/          inventory and provenance tools
    benchmarks/     performance benchmarks
    cli/            Click CLI (quickstart, install, update, uninstall, verify, status, diff, rollback, harnesses, profile, doctor, completion)
    commands/       slash command definitions (*.md)
    conformity/     mechanical gate checkers (*-grep.py)
    harnesses/      one sub-package per harness adapter (17 adapters)
    hooks/          hook dispatcher + message files
    lib/            shared Python library
    output-styles/  output-style definitions (*.md)
    rules/          behavioral rules (*.md)
    schemas/        YAML/JSON schemas
    skills/         reusable skill templates (folder/SKILL.md)
    statuslines/    status-line config (*.json)
    templates/      reusable template artifacts

Импортируемые артефакты vs. артефакты конфигурации

Многие элементы под src/apothem/ — это конфигурационные артефакты Markdown, а не модули Python. Импортируемая поверхность Python:

• src/apothem/cli/ (Click CLI, предоставляемая как точка входа apothem)
• src/apothem/harnesses/ (17 субпакетов адаптеров ассистента по написанию кода)
• src/apothem/lib/ (общая библиотека: профиль, реестр, материализатор, распространение)
• src/apothem/hooks/ (dispatch.py, lib/)
• src/apothem/conformity/ (механические grep-скрипты)
• src/apothem/audit/ (скрипты инвентаризации)
• src/apothem/benchmarks/ (драйверы тестов производительности)