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Apothem
Comandos do pipeline

/research-publish

/research-publish — Formata o artigo conforme o modelo do veículo e monta o pacote de submissão (suplementar, disponibilidade de dados/código, carta de apresentação, ética/conflito de interesse), com um plano de preprint/DOI.

Papel: Pesquisador principal (publicação) Posição no pipeline: meio da cadeia

Formata o artigo conforme o modelo do veículo e monta o pacote de submissão — materiais suplementares, declaração de disponibilidade de dados / código, carta de apresentação, declarações de ética e de conflito de interesse — mais um plano de preprint / arquivamento com um DOI e uma lista de verificação de submissão. O operador submete o pacote; o sucessor terminal é /research-disseminate, que leva o trabalho publicado ao seu público.

Invocação canônica

/research-publish

Com argumentos:

/research-publish [path/to/research-suite/]

Entradas

O entregável do artigo e o _outputs/review-report.md (as revisões da revisão por pares).

Saídas

O pacote de submissão formatado para o veículo em um local natural do host (o manuscrito formatado + materiais suplementares + declaração de disponibilidade de dados / código + carta de apresentação + declarações de ética / conflito de interesse) + _outputs/publication-record.md + uma lista de verificação de submissão.

A jusante

/research-disseminate (consumidor a jusante) — o operador realiza a submissão e, em seguida, /research-disseminate leva o trabalho publicado ao seu público. Quando o veículo retorna revisões, execute novamente /research-review sobre o artigo revisado antes de remontar o pacote.

Fases do fluxo de trabalho

O comando segue o fluxo de trabalho padrão do pipeline /research:

  1. Carregar contexto — Ler o artigo e o relatório de revisão.
  2. Verificar o Portão de sequência — Confirmar que _outputs/review-report.md existe; caso contrário, parar com Blocked: run /research-review first.
  3. Formatar e empacotar — Aplicar o modelo do veículo; montar suplementar, disponibilidade de dados/código, carta de apresentação, declarações de ética / conflito de interesse.
  4. Planejar o preprint / arquivamento — Registrar o plano de preprint e DOI; construir a lista de verificação de submissão.
  5. Atualizar o manifesto de transferência — Registrar o pacote de submissão e o registro de publicação.
  6. Emitir o pacote — O pacote de submissão formatado para o veículo + _outputs/publication-record.md.

Piso de rigor

A formatação honra a divulgação em estágios: para um veículo de revisão duplo-cega, autor, instituição e identidade do sistema são removidos para metadados submetidos separadamente e restaurados somente no estágio designado de versão final. O depósito de arquivamento carrega o pacote de evidências de reprodutibilidade escalonado ao veículo (dados, código, ambiente fixado, sementes, registro de hardware, resultados por instância e figuras).

Modos de falha

SintomaCausaRecuperação
Blocked: run /research-review firstSem relatório de revisãoExecute /research-review para produzir _outputs/review-report.md
Revisão HIGH não atendidaAchado de revisão ignoradoAtenda à revisão e execute novamente /research-review
Falta disponibilidade de dados/códigoSuperfície de reprodutibilidade ausenteAdicione a declaração de disponibilidade de dados / código antes da submissão

Exemplos

# Montar o pacote de submissão do veículo
/research-publish path/to/research-suite/

Referências cruzadas

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